GalaxyRefine: Protein structure refinement driven by side-chain repacking.
GalaxyRefine: Protein structure refinement driven by side-chain repacking.
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DOI：
10.1093/nar/gkt458
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Seok C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Heo L;Park H;Seok C
由现代蛋白质结构预测方法生成的模型结构的质量强烈地依赖于目标和可用模板结构之间的相似程度。因此，在结构预测界强调了改进基于模板的模型结构的重要性，而不是从模板信息中获得精度。Http://galaxy.seoklab.org/refine，免费提供的GalaxyRefineWeb服务器基于一种已在CASP10中成功测试的改进方法。该方法首先对侧链进行重构，然后通过分子动力学模拟进行侧链重新堆积和随后的整体结构松弛。根据CASP10评估，该方法在改善局部结构质量方面表现出最好的性能。该方法用于精炼由最先进的蛋白质结构预测服务器生成的模型时，平均可以提高全局和局部结构质量。
The quality of model structures generated by contemporary protein structure prediction methods strongly depends on the degree of similarity between the target and available template structures. Therefore, the importance of improving template-based model structures beyond the accuracy available from template information has been emphasized in the structure prediction community. The GalaxyRefine web server, freely available at http://galaxy.seoklab.org/refine, is based on a refinement method that has been successfully tested in CASP10. The method first rebuilds side chains and performs side-chain repacking and subsequent overall structure relaxation by molecular dynamics simulation. According to the CASP10 assessment, this method showed the best performance in improving the local structure quality. The method can improve both global and local structure quality on average, when used for refining the models generated by state-of-the-art protein structure prediction servers.
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