MethylomeDB: a database of DNA methylation profiles of the brain.
MethylomeDB: a database of DNA methylation profiles of the brain.
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DOI：
10.1093/nar/gkr1193
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Haghighi FG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xin Y;Chanrion B;O'Donnell AH;Milekic M;Costa R;Ge Y;Haghighi FG
MethylomeDB （http://epigenomics.columbia.edu/methylomedb/index.html）是一个包含全基因组脑DNA甲基化谱的新数据库。DNA甲基化是哺乳动物大脑中一个重要的表观遗传标记。在人类研究中，异常的DNA甲基化改变与各种神经发育和神经精神疾病（如精神分裂症和抑郁症）有关。在这个数据库中，我们展示了精心挑选的非精神控制、精神分裂症和抑郁症样本的甲基化概况。我们还包括一个小鼠前脑样本标本的数据，以便进行跨物种比较。除了我们内部生成的DNA甲基化数据，我们已经并将继续包括其他研究小组发表的DNA甲基化数据，重点是大脑发育和功能。用户可以在单cpg分辨率下查看甲基化数据，并可选择摆动和微阵列格式。他们还可以下载单个样本的甲基化数据。甲基化edb为研究大脑功能和行为提供了重要的资源。它提供了综合脑甲基化数据的第一个来源，包括人类和小鼠脑标本的全基因组DNA甲基化谱，促进跨物种比较表观基因组研究，以及精神分裂症和抑郁症甲基化研究。
MethylomeDB (http://epigenomics.columbia.edu/methylomedb/index.html) is a new database containing genome-wide brain DNA methylation profiles. DNA methylation is an important epigenetic mark in the mammalian brain. In human studies, aberrant DNA methylation alterations have been associated with various neurodevelopmental and neuropsychiatric disorders such as schizophrenia, and depression. In this database, we present methylation profiles of carefully selected non-psychiatric control, schizophrenia, and depression samples. We also include data on one mouse forebrain sample specimen to allow for cross-species comparisons. In addition to our DNA methylation data generated in-house, we have and will continue to include published DNA methylation data from other research groups with the focus on brain development and function. Users can view the methylation data at single-CpG resolution with the option of wiggle and microarray formats. They can also download methylation data for individual samples. MethylomeDB offers an important resource for research into brain function and behavior. It provides the first source of comprehensive brain methylome data, encompassing whole-genome DNA methylation profiles of human and mouse brain specimens that facilitate cross-species comparative epigenomic investigations, as well as investigations of schizophrenia and depression methylomes.
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