pywindow: Automated Structural Analysis of Molecular Pores.
pywindow: Automated Structural Analysis of Molecular Pores.
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DOI：
10.1021/acs.jcim.8b00490
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发表时间：
2018-12-24
影响因子：
5.6
通讯作者：
Jelfs KE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Miklitz M;Jelfs KE
分子孔的结构分析可以获得关于它们在溶液和固态中的行为的重要信息。我们开发了pywindow，这是一个python软件包，可以自动分析多孔分子材料的结构特征，如分子笼。我们的分析包括腔直径，窗口数，窗口直径和平均分子直径。还可以分析分子孔的分子动力学轨迹以探索柔性的影响。我们提出的方法，验证和应用pywindow的分析分子孔，金属有机多面体，和框架材料的一些例子。PyWindow可以从免费获得。
Structural analysis of molecular pores can yield important information on their behavior in solution and in the solid state. We developed pywindow, a python package that enables the automated analysis of structural features of porous molecular materials, such as molecular cages. Our analysis includes the cavity diameter, number of windows, window diameters, and average molecular diameter. Molecular dynamics trajectories of molecular pores can also be analyzed to explore the influence of flexibility. We present the methodology, validation, and application of pywindow for the analysis of molecular pores, metal–organic polyhedra, and some instances of framework materials. pywindow is freely available from .
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