Sailfish enables alignment-free isoform quantification from RNA-seq reads using lightweight algorithms.
Sailfish enables alignment-free isoform quantification from RNA-seq reads using lightweight algorithms.
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DOI：
10.1038/nbt.2862
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发表时间：
2014-05
影响因子：
46.9
通讯作者：
Kingsford, Carl
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Patro, Rob;Mount, Stephen M.;Kingsford, Carl
我们介绍了Sailfish，这是一种计算方法，用于从RNA-seq数据中量化先前注释的RNA异构体的丰度。由于Sailfish完全避免了映射读取，这是当前所有方法中耗时的步骤，因此它提供的量化估计比现有方法快得多（通常快20倍），而不会损失准确性。通过促进数据的频繁重新分析和减少优化参数的需要，Sailfish证实了轻量级算法有效处理测序读数的潜力。
We introduce Sailfish, a computational method for quantifying the abundance of previously annotated RNA isoforms from RNA-seq data. Because Sailfish entirely avoids mapping reads, a time-consuming step in all current methods, it provides quantification estimates much faster than do existing approaches (typically 20 times faster) without loss of accuracy. By facilitating frequent reanalysis of data and reducing the need to optimize parameters, Sailfish exemplifies the potential of lightweight algorithms for efficiently processing sequencing reads.
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影响因子：
3
作者：
Zheng W;Chung LM;Zhao H
通讯作者：
Zhao H
影响因子：
46.9
作者：
Trapnell C;Williams BA;Pertea G;Mortazavi A;Kwan G;van Baren MJ;Salzberg SL;Wold BJ;Pachter L
通讯作者：
Pachter L
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Ahmed I;Amode MR;Barrell D;Beal K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fairley S;Fitzgerald S;Gil L;García-Girón C;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Komorowska M;Kulesha E;Longden I;Maurel T;McLaren WM;Muffato M;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ritchie GR;Ruffier M;Schuster M;Sheppard D;Sobral D;Taylor K;Thormann A;Trevanion S;White S;Wilder SP;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Dunham I;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Johnson N;Kinsella R;Parker A;Spudich G;Yates A;Zadissa A;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
12.3
作者：
Philippe, Nicolas;Salson, Mikael;Rivals, Eric
通讯作者：
Rivals, Eric
影响因子：
5.7
作者：
Salzman, Julia;Jiang, Hui;Wong, Wing Hung
通讯作者：
Wong, Wing Hung