Species Tree Inference with BPP Using Genomic Sequences and the Multispecies Coalescent.
Species Tree Inference with BPP Using Genomic Sequences and the Multispecies Coalescent.
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DOI：
10.1093/molbev/msy147
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发表时间：
2018-10-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Yang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Flouri T;Jiao X;Rannala B;Yang Z
多种物种合并提供了一个自然框架，用于容纳祖先的遗传多态性和合并过程，这些过程可能导致不同的基因组区域具有不同的谱系历史。贝叶斯计划BPP包括使用TransModel Markov链蒙特卡洛（Monte Carlo）计算不同物种树的后验概率，包括多种族合并的全样实施。 BPP适用于分析多焦点序列数据集，它适用于基因座和基因树对基因树（拓扑长度和分支长度）的异质性，这是由于每个基因座的系统发育信息有限而导致的。在这里，我们提供了在物种树估计中使用BPP的实用指南。 BPP是一个在Linux，MacOSX和Windows上运行的命令行程序。该协议显示了如何同时使用BPP 3.4（http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/）和BPP 4.0（https://github.com/bpp/）。
The multispecies coalescent provides a natural framework for accommodating ancestral genetic polymorphism and coalescent processes that can cause different genomic regions to have different genealogical histories. The Bayesian program BPP includes a full-likelihood implementation of the multispecies coalescent, using transmodel Markov chain Monte Carlo to calculate the posterior probabilities of different species trees. BPP is suitable for analyzing multilocus sequence data sets and it accommodates the heterogeneity of gene trees (both the topology and branch lengths) among loci and gene tree uncertainties due to limited phylogenetic information at each locus. Here, we provide a practical guide to the use of BPP in species tree estimation. BPP is a command-line program that runs on linux, macosx, and windows. This protocol shows how to use both BPP 3.4 (http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/) and BPP 4.0 (https://github.com/bpp/).
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DOI：
10.1098/rstb.2015.0335
发表时间：
2016-09-05
期刊：
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
影响因子：
--
作者：
Mallo D;Posada D
通讯作者：
Posada D
三个物种的隔离与迁移模型的最大似然实现
影响因子：
6.5
作者：
Dalquen, Daniel A.;Zhu, Tianqi;Yang, Ziheng
通讯作者：
Yang, Ziheng
影响因子：
3.3
作者：
Rannala, Bruce;Yang, Ziheng
通讯作者：
Yang, Ziheng
影响因子：
6.5
作者：
Ogilvie HA;Heled J;Xie D;Drummond AJ
通讯作者：
Drummond AJ
影响因子：
6.5
作者：
Maddison, WP
通讯作者：
Maddison, WP