A biophysical miRNA-mRNA interaction model infers canonical and noncanonical targets
A biophysical miRNA-mRNA interaction model infers canonical and noncanonical targets
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DOI：
10.1038/nmeth.2341
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发表时间：
2013-03-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
van Nimwegen, Erik
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khorshid, Mohsen;Hausser, Jean;van Nimwegen, Erik
我们介绍了一个生物物理模型的miRNA靶相互作用，并推断其参数Argonaute 2交联和免疫沉淀数据。我们发现，相当一部分的人类miRNA靶位点是非典型的，预测的靶位点亲和力与靶不稳定的程度相关。我们的模型提供了一个严格的生物物理学方法，miRNA目标识别超出了特设的miRNA种子为基础的方法。
We introduce a biophysical model of miRNA-target interaction and infer its parameters from Argonaute 2 cross-linking and immunoprecipitation data. We show that a substantial fraction of human miRNA target sites are noncanonical and that predicted target-site affinity correlates well with the extent of target destabilization. Our model provides a rigorous biophysical approach to miRNA target identification beyond ad hoc miRNA seed based methods.