Peripheral blood gene expression as a novel genomic biomarker in complicated sarcoidosis.
Peripheral blood gene expression as a novel genomic biomarker in complicated sarcoidosis.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0044818
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Garcia JG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhou T;Zhang W;Sweiss NJ;Chen ES;Moller DR;Knox KS;Ma SF;Wade MS;Noth I;Machado RF;Garcia JG
结节病是一种总是影响肺部的系统性肉芽肿综合征，通常会自发缓解，但约 20% 的病例会出现严重肺功能障碍或心脏和神经系统受累（复杂性结节病）。不幸的是，目前的生物标志物无法区分缓解型（无并发症）结节病患者与其他纤维化肺部疾病，也无法识别有复杂性结节病风险的个体。我们利用全基因组外周血基因表达分析来识别 20 基因结节病生物标志物特征，将结节病 (n = 39) 与健康对照 (n = 35，分类准确度 86%) 区分开来，并作为复杂结节病 (n = 17) 的分子特征。由于 T 细胞受体 (TCR) 信号传导、JAK-STAT (JS) 信号传导和细胞因子细胞因子受体 (CCR) 信号传导的异常与结节病发病机制有关，因此将由与结节病相关的 T 细胞信号传导通路基因 (TCR/JS/CCR) 组成的 31 个基因标记与无偏倚的 20 个基因生物标志物标记进行了比较，但事实证明，在区分复杂性和单纯性结节病方面，其预测准确性较差。其他验证策略包括特征基因中的单核苷酸多态性 (SNP) 与结节病易感性和严重程度的显着关联（无偏特征基因 - CX3CR1、FKBP1A、NOG、RBM12B、SENS3、TSHZ2；T 细胞/JAK-STAT 通路基因，如 AKT3、CBLB、DLG1、IFNG、IL2RA、IL7R、ITK、JUN、MALT1、 NFATC2、PLCG1、SPRED1）。总之，这种经过验证的外周血分子基因特征似乎是识别结节病病例和预测复杂结节病风险的有价值的生物标志物。
Sarcoidosis, a systemic granulomatous syndrome invariably affecting the lung, typically spontaneously remits but in ∼20% of cases progresses with severe lung dysfunction or cardiac and neurologic involvement (complicated sarcoidosis). Unfortunately, current biomarkers fail to distinguish patients with remitting (uncomplicated) sarcoidosis from other fibrotic lung disorders, and fail to identify individuals at risk for complicated sarcoidosis. We utilized genome-wide peripheral blood gene expression analysis to identify a 20-gene sarcoidosis biomarker signature distinguishing sarcoidosis (n = 39) from healthy controls (n = 35, 86% classification accuracy) and which served as a molecular signature for complicated sarcoidosis (n = 17). As aberrancies in T cell receptor (TCR) signaling, JAK-STAT (JS) signaling, and cytokine-cytokine receptor (CCR) signaling are implicated in sarcoidosis pathogenesis, a 31-gene signature comprised of T cell signaling pathway genes associated with sarcoidosis (TCR/JS/CCR) was compared to the unbiased 20-gene biomarker signature but proved inferior in prediction accuracy in distinguishing complicated from uncomplicated sarcoidosis. Additional validation strategies included significant association of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in signature genes with sarcoidosis susceptibility and severity (unbiased signature genes - CX3CR1, FKBP1A, NOG, RBM12B, SENS3, TSHZ2; T cell/JAK-STAT pathway genes such as AKT3, CBLB, DLG1, IFNG, IL2RA, IL7R, ITK, JUN, MALT1, NFATC2, PLCG1, SPRED1). In summary, this validated peripheral blood molecular gene signature appears to be a valuable biomarker in identifying cases with sarcoidoisis and predicting risk for complicated sarcoidosis.
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DOI：
10.1164/rccm.200912-1855oc
发表时间：
2010-06-15
影响因子：
24.7
作者：
Lockstone, Helen E.;Sanderson, Sharon;Ho, Ling-Pei
通讯作者：
Ho, Ling-Pei
影响因子：
15.9
作者：
HOMMA, T;SAKAI, M;HARRIS, RC
通讯作者：
HARRIS, RC
DOI：
10.1091/mbc.1.11.811
发表时间：
1990-10-01
期刊：
CELL REGULATION
影响因子：
--
作者：
BESNER, G;HIGASHIYAMA, S;KLAGSBRUN, M
通讯作者：
KLAGSBRUN, M
DOI：
10.1164/rccm.200411-1594oc
发表时间：
2005-11-15
影响因子：
24.7
作者：
Kelly, DM;Greene, CM;McElvaney, NG
通讯作者：
McElvaney, NG
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y