Test-statistic inflation in methylome-wide association studies.
Test-statistic inflation in methylome-wide association studies.
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DOI：
10.1080/15592294.2020.1758382
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发表时间：
2020-11
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
van den Oord EJCG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guintivano J;Shabalin AA;Chan RF;Rubinow DR;Sullivan PF;Meltzer-Brody S;Aberg KA;van den Oord EJCG
近年来，全甲基化关联研究（MWAS）激增。我们观察到，这些研究中有许多都存在检验统计量膨胀的问题，这很可能是由于常用的质量控制（QC）管道不足以消除技术伪影。为了支持这一说法，我们使用改进的QC管道重新分析了GEO数据集，将测试统计膨胀参数lambda从原始的平均值/中位数20.16/15.17降低到3.07/1.14。此外，在更彻底的QC后，全甲基化显著性发现的平均/中位数减少了65，688/57，805个基因座。为了避免这样的假阳性，我们主张更广泛的QC，并报告测试统计膨胀参数λ成为所有MWAS的标准，使读者能够更好地评估错误发现的风险。
Recent years have seen a surge of methylome-wide association studies (MWAS). We observed that many of these studies suffer from test statistic inflation that is most likely caused by commonly used quality control (QC) pipelines not going far enough to remove technical artefacts. To support this claim, we reanalysed GEO datasets with an improved QC pipeline that reduced test-statistic inflation parameter lambda from the original mean/median of 20.16/15.17 to 3.07/1.14. Furthermore, the mean/median number of methylome-wide significant findings was reduced by 65,688/57,805 loci after more thorough QC. To avoid such false positives we argue for more extensive QC and that reporting the test-statistic inflation parameter lambda become standard for all MWAS allowing readers to better assess the risk of false discoveries.
影响因子：
6.9
作者：
Guintivano J;Sullivan PF;Stuebe AM;Penders T;Thorp J;Rubinow DR;Meltzer-Brody S
通讯作者：
Meltzer-Brody S
影响因子：
5.2
作者：
Yang, Jian;Weedon, Michael N.;Visscher, Peter M.
通讯作者：
Visscher, Peter M.
影响因子：
5.8
作者：
Shabalin, Andrey A.;Hattab, Mohammad W.;van den Oord, Edwin J. C. G.
通讯作者：
van den Oord, Edwin J. C. G.