Comparison of clustering approaches with application to dual colour protein data
Comparison of clustering approaches with application to dual colour protein data
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聚类方法与双色蛋白质数据应用的比较
DOI：
10.1049/iet-syb.2017.0019
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发表时间：
2018
影响因子：
2.3
通讯作者：
Peter J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Siebert;Sabrina;Ickstadt;Schäfer;Martin;Yvonne;Verveer;Peter J.
细胞通过位于细胞质膜上的蛋白质与周围环境进行交流，细胞质膜将细胞内部与周围环境分开。这些蛋白在不同生理条件下在质膜中的空间分布是重要的，因为这可能影响它们的信号传输特性。在这项研究中，作者比较了分析这种空间分布的不同方法，如层次聚类、可扩展马尔可夫模型和gammics方法。在模拟研究中检验了这些方法，以确定它们的最佳使用。之后，他们分析了实验成像数据，并将这些方法扩展到模拟双色数据。
Cells communicate with their environment via proteins, located at the plasma membrane separating the interior of a cell from its surroundings. The spatial distribution of these proteins in the plasma membrane under different physiological conditions is of importance, since this may influence their signal transmission properties. In this study, the authors compare different methods such as hierarchical clustering, extensible Markov models and the gammics method for analysing such a spatial distribution. The methods are examined in a simulation study to determine their optimal use. Afterwards, they analyse experimental imaging data and extend these methods to simulate dual colour data.
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可扩展马尔可夫模型
DOI：
--
发表时间：
2004
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--
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通讯作者：
Jie Huang
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通讯作者：
Botstein, D