Dissecting Oct3/4-regulated gene networks in embryonic stem cells by expression profiling.
Dissecting Oct3/4-regulated gene networks in embryonic stem cells by expression profiling.
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通过表达分析在胚胎干细胞中解剖OCT3/4调节的基因网络。
DOI：
10.1371/journal.pone.0000026
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发表时间：
2006-12-20
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Ko, Minoru S. H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Matoba, Ryo;Niwa, Hitoshi;Masui, Shinji;Ohtsuka, Satoshi;Carter, Mark G.;Sharov, Alexei A.;Ko, Minoru S. H.
POU 转录因子 Pou5f1 (Oct3/4) 是维持 ES 细胞处于未分化状态所必需的。在这里，我们展示了 Oct3/4 操作的 ES 细胞的全局表达谱描绘了 Oct3/4 的下游靶基因。结合全基因组染色质免疫沉淀 (ChIP) 测定的数据，该分析不仅确定了 Oct3/4 的主要下游靶标，还确定了二级或三级靶标。此外，分析还表明下游靶基因受到 Oct3/4 的正向或负向调节。一组根据 Oct3/4 表达水平显示激活和抑制的基因的鉴定为需要适当的 Oct3/4 表达以维持未分化的 ES 细胞提供了可能的机制。作为一项原理验证研究，对下游基因之一 Tcl1 进行了详细分析。我们发现 Oct3/4 与 Tcl1 的启动子区域结合并激活其转录。我们还表明 Tcl1 参与 ES 细胞增殖的调节，但不参与分化。这些发现表明，基因操作 ES 细胞的整体表达谱有助于描绘基因调控网络的结构和动态。
POU transcription factor Pou5f1 (Oct3/4) is required to maintain ES cells in an undifferentiated state. Here we show that global expression profiling of Oct3/4-manipulated ES cells delineates the downstream target genes of Oct3/4. Combined with data from genome-wide chromatin-immunoprecipitation (ChIP) assays, this analysis identifies not only primary downstream targets of Oct3/4, but also secondary or tertiary targets. Furthermore, the analysis also reveals that downstream target genes are regulated either positively or negatively by Oct3/4. Identification of a group of genes that show both activation and repression depending on Oct3/4 expression levels provides a possible mechanism for the requirement of appropriate Oct3/4 expression to maintain undifferentiated ES cells. As a proof-of-principle study, one of the downstream genes, Tcl1, has been analyzed in detail. We show that Oct3/4 binds to the promoter region of Tcl1 and activates its transcription. We also show that Tcl1 is involved in the regulation of proliferation, but not differentiation, in ES cells. These findings suggest that the global expression profiling of gene-manipulated ES cells can help to delineate the structure and dynamics of gene regulatory networks.
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影响因子：
64.5
作者：
Mitsui, K;Tokuzawa, Y;Yamanaka, S
通讯作者：
Yamanaka, S
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20.3
作者：
Kang, SM;Narducci, MG;Russo, G
通讯作者：
Russo, G
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5.3
作者：
Mirza, AM;Gysin, S;McMahon, M
通讯作者：
McMahon, M
影响因子：
10.5
作者：
Botquin, V;Hess, H;Schöler, HR
通讯作者：
Schöler, HR
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y