Using specific length amplified fragment sequencing to construct the high-density genetic map for Vitis (Vitis vinifera L. × Vitis amurensis Rupr.).
Using specific length amplified fragment sequencing to construct the high-density genetic map for Vitis (Vitis vinifera L. × Vitis amurensis Rupr.).
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利用特定长度扩增片段测序构建葡萄（Vitis vinifera L. x Vitis amurensis Rupr.）高密度遗传图谱
DOI：
10.3389/fpls.2015.00393
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发表时间：
2015
影响因子：
5.6
通讯作者：
Guo X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guo Y;Shi G;Liu Z;Zhao Y;Yang X;Zhu J;Li K;Guo X
本研究以‘红地球’(Vitis vinifera L.)和‘双优’(Vitis amurensis Rupr.)种间杂交的149株F1植株及其亲本为材料，采用特定长度扩增片段测序技术构建了分子遗传连锁图谱。 DNA 测序生成了 41.282 Gb 数据，其中包含 206,411,693 个双端读数。 “红地球”的平均测序深度为 68.35，“双优”的平均测序深度为 63.65，每个后代的平均测序深度为 8.01。总共检测到115,629个高质量的特定长度扩增片段，其中42,279个是多态性的。遗传图谱是使用 7,199 个这样的多态性标记构建的。这些多态性标记被分配到 19 个连锁群；地图总长1929.13厘米，每个制作者之间的平均距离为0.28厘米。据我们所知，本研究构建的遗传图谱包含数量最多的分子标记。这些高密度遗传图谱可能成为葡萄精细数量性状基因座定位和分子辅助育种的基础。
In this study, 149 F1 plants from the interspecific cross between ‘Red Globe’ (Vitis vinifera L.) and ‘Shuangyou’ (Vitis amurensis Rupr.) and the parent were used to construct a molecular genetic linkage map by using the specific length amplified fragment sequencing technique. DNA sequencing generated 41.282 Gb data consisting of 206,411,693 paired-end reads. The average sequencing depths were 68.35 for ‘Red Globe,’ 63.65 for ‘Shuangyou,’ and 8.01 for each progeny. In all, 115,629 high-quality specific length amplified fragments were detected, of which 42,279 were polymorphic. The genetic map was constructed using 7,199 of these polymorphic markers. These polymorphic markers were assigned to 19 linkage groups; the total length of the map was 1929.13 cm, with an average distance of 0.28 cm between each maker. To our knowledge, the genetic maps constructed in this study contain the largest number of molecular markers. These high-density genetic maps might form the basis for the fine quantitative trait loci mapping and molecular-assisted breeding of grape.
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