BioContext: an integrated text mining system for large-scale extraction and contextualization of biomolecular events.
BioContext: an integrated text mining system for large-scale extraction and contextualization of biomolecular events.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts332
复制
发表时间：
2012-08-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Nenadic G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gerner M;Sarafraz F;Bergman CM;Nenadic G
动机：尽管生物学中的数据量正在迅速增加，但了解生物学事件（例如磷酸化或基因表达）的关键信息仍锁定在生物医学文献中。大多数当前的文本挖掘（TM）提取有关生物事件信息的方法都集中在有限规模的研究和/或摘要上，而数据提取的数据缺乏上下文，并且很少可用于支持进一步的研究。
结果：在这里，我们提出了一个集成的TM系统BioContext，该系统从执行实体识别，生物分子事件提取和上下文化的许多工具中提取，扩展和集成结果。我们的系统在1090万个MEDLINE摘要中的应用和234 000个来自PubMed Central的开放式全文文章的应用超过3600万，代表1140万个不同的事件。事件参与者包括超过29万个不同的基因/蛋白质，这些基因/蛋白质被提及超过8000万次，并在可能的情况下与Entrez基因标识符相连。在三分之一的事件中，有上下文信息，例如事件发生的解剖位置，或者事件是被报告为否定还是投机性的。
可用性：可在http://www.biocontext.org上下载BioContext管道（在BSD许可下），以及提取的数据，也可以在线浏览。
联系人：martin.gerner@gmail.com
补充信息：可以在线生物信息学上获得补充数据。
Motivation: Although the amount of data in biology is rapidly increasing, critical information for understanding biological events like phosphorylation or gene expression remains locked in the biomedical literature. Most current text mining (TM) approaches to extract information about biological events are focused on either limited-scale studies and/or abstracts, with data extracted lacking context and rarely available to support further research. Results: Here we present BioContext, an integrated TM system which extracts, extends and integrates results from a number of tools performing entity recognition, biomolecular event extraction and contextualization. Application of our system to 10.9 million MEDLINE abstracts and 234 000 open-access full-text articles from PubMed Central yielded over 36 million mentions representing 11.4 million distinct events. Event participants included over 290 000 distinct genes/proteins that are mentioned more than 80 million times and linked where possible to Entrez Gene identifiers. Over a third of events contain contextual information such as the anatomical location of the event occurrence or whether the event is reported as negated or speculative. Availability: The BioContext pipeline is available for download (under the BSD license) at http://www.biocontext.org, along with the extracted data which is also available for online browsing. Contact: martin.gerner@gmail.com Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
登录
查看更多内容
影响因子：
8.6
作者：
Hawizy L;Jessop DM;Adams N;Murray-Rust P
通讯作者：
Murray-Rust P
DOI：
10.1109/icimw.2009.5324773
发表时间：
2009-01-01
期刊：
METHODS IN BIOENGINEERING: SYSTEMS ANALYSIS OF BIOLOGICAL NETWORKS
影响因子：
--
作者：
Kim, Jin-Hong;Asthagiri, Anand R.
通讯作者：
Asthagiri, Anand R.
影响因子：
14.9
作者：
Ceol A;Chatr Aryamontri A;Licata L;Peluso D;Briganti L;Perfetto L;Castagnoli L;Cesareni G
通讯作者：
Cesareni G
影响因子：
3
作者：
Kim JD;Ohta T;Tsujii J
通讯作者：
Tsujii J
影响因子：
5.8
作者：
Settles, B
通讯作者：
Settles, B