Discovery and functional interrogation of SARS-CoV-2 RNA-host protein interactions.
Discovery and functional interrogation of SARS-CoV-2 RNA-host protein interactions.
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DOI：
10.1016/j.cell.2021.03.012
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发表时间：
2021-04-29
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Satpathy AT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Flynn RA;Belk JA;Qi Y;Yasumoto Y;Wei J;Alfajaro MM;Shi Q;Mumbach MR;Limaye A;DeWeirdt PC;Schmitz CO;Parker KR;Woo E;Chang HY;Horvath TL;Carette JE;Bertozzi CR;Wilen CB;Satpathy AT
SARS-CoV-2是导致全球死亡率不断上升的大流行病的原因。利用质谱法（ChIRP-MS）对RNA结合蛋白的全面鉴定，我们鉴定了309种在活动感染期间与SARS-CoV-2 RNA结合的宿主蛋白。将该数据与来自其他三种RNA病毒的ChIRP-MS数据整合，定义了RNA-宿主蛋白相互作用的病毒特异性。靶向CRISPR筛选显示，大多数功能性RNA结合蛋白可以保护宿主免受病毒诱导的细胞死亡，而对七种RNA病毒的比较CRISPR筛选显示了共享的和SARS特异性的抗病毒因子。最后，通过结合以RNA为中心的方法和功能性CRISPR筛选，我们证明了SARS-CoV-2和线粒体之间的物理和功能联系，突出了这种细胞器作为抗病毒活性的一般平台。总而言之，这些数据提供了一个全面的功能性SARS-CoV-2 RNA-宿主蛋白相互作用的目录，这可能会为研究提供信息，以了解宿主-病毒界面，并提名可以靶向治疗获益的宿主途径。SARS-CoV-2 RNA的ChIRP-MS鉴定病毒RNA-宿主蛋白相互作用网络比较分析鉴定SARS特异性和多病毒RNA-蛋白复合物SARS-CoV-2相互作用组聚焦的CRISPR筛选揭示了广泛的抗病毒反应宿主线粒体作为抗SARS-CoV-2免疫的一般细胞器平台通过ChIRP-MS和CRISPR筛选对SARS-CoV-2 RNA-宿主蛋白相互作用网络的询问，与其他人类病毒如黄病毒、小核糖核酸病毒和鼻病毒相比，鉴定了对SARS-CoV-2感染特异的复合物，并强调了线粒体在介导抗病毒免疫中的作用。
SARS-CoV-2 is the cause of a pandemic with growing global mortality. Using comprehensive identification of RNA-binding proteins by mass spectrometry (ChIRP-MS), we identified 309 host proteins that bind the SARS-CoV-2 RNA during active infection. Integration of this data with ChIRP-MS data from three other RNA viruses defined viral specificity of RNA-host protein interactions. Targeted CRISPR screens revealed that the majority of functional RNA-binding proteins protect the host from virus-induced cell death, and comparative CRISPR screens across seven RNA viruses revealed shared and SARS-specific antiviral factors. Finally, by combining the RNA-centric approach and functional CRISPR screens, we demonstrated a physical and functional connection between SARS-CoV-2 and mitochondria, highlighting this organelle as a general platform for antiviral activity. Altogether, these data provide a comprehensive catalog of functional SARS-CoV-2 RNA-host protein interactions, which may inform studies to understand the host-virus interface and nominate host pathways that could be targeted for therapeutic benefit. ChIRP-MS of SARS-CoV-2 RNA identifies viral RNA-host protein interaction networks Comparative analysis identifies SARS-specific and multi-viral RNA-protein complexes SARS-CoV-2 interactome-focused CRISPR screens reveal a broad antiviral response Host mitochondria serve as a general organelle platform for anti-SARS-CoV-2 immunity Interrogation of SARS-CoV-2 RNA-host protein interaction networks by ChIRP-MS and CRISPR screens, in comparison with other human viruses such as flaviviruses, picornavirus, and rhinovirus, identifies complexes specific to SARS-CoV-2 infection and highlights the role of mitochondria in mediating antiviral immunity.
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影响因子：
64.5
作者：
Hou, Yixuan J.;Okuda, Kenichi;Baric, Ralph S.
通讯作者：
Baric, Ralph S.
DOI：
10.1073/pnas.1810137115
发表时间：
2018-10-16
影响因子：
11.1
作者：
Janes J;Young ME;Chen E;Rogers NH;Burgstaller-Muehlbacher S;Hughes LD;Love MS;Hull MV;Kuhen KL;Woods AK;Joseph SB;Petrassi HM;McNamara CW;Tremblay MS;Su AI;Schultz PG;Chatterjee AK
通讯作者：
Chatterjee AK
DOI：
10.1007/s00335-018-9760-9
发表时间：
2018-08
期刊：
Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
影响因子：
--
作者：
Cockrell AS;Leist SR;Douglas MG;Baric RS
通讯作者：
Baric RS
影响因子：
30.3
作者：
Hoffmann HH;Sánchez-Rivera FJ;Schneider WM;Luna JM;Soto-Feliciano YM;Ashbrook AW;Le Pen J;Leal AA;Ricardo-Lax I;Michailidis E;Hao Y;Stenzel AF;Peace A;Zuber J;Allis CD;Lowe SW;MacDonald MR;Poirier JT;Rice CM
通讯作者：
Rice CM
影响因子：
6.4
作者：
Bazzone, Lindsey E.;King, Michael;Finberg, Robert W.
通讯作者：
Finberg, Robert W.