Multifactorial profiling of epigenetic landscapes at single-cell resolution using MulTI-Tag.
Multifactorial profiling of epigenetic landscapes at single-cell resolution using MulTI-Tag.
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DOI：
10.1038/s41587-022-01522-9
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发表时间：
2023-05
影响因子：
46.9
通讯作者：
Henikoff, Steven
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meers, Michael P.;Llagas, Geneva;Janssens, Derek H.;Codomo, Christine A.;Henikoff, Steven
染色质分析在位点分辨率上揭示了定义细胞类型和发育轨迹的基因调控特征，但在同一样品中绘制和比较不同的染色质相关蛋白仍然具有挑战性。在这里，我们描述了多目标标记鉴定（MulTI-Tag），一种抗体条形码方法，用于同时分析单个细胞中的多个染色质特征。我们优化了MulTI-Tag以保持高灵敏度和特异性，并在同一细胞中检测到多达三种组蛋白修饰：H3K27me3， H3K4me1/2和H3K36me3。我们使用MulTI-Tag来解析不同的细胞类型和发育轨迹；区分与分化结果相关的主动和抑制因子调节使用的独特、协调模式；并发现组蛋白标记之间的联系。多因子表观遗传分析有望全面表征发育和疾病中细胞特异性基因调控景观。一种可扩展的条形码方法测量单个细胞中的多种染色质相关蛋白。
Chromatin profiling at locus resolution uncovers gene regulatory features that define cell types and developmental trajectories, but it remains challenging to map and compare different chromatin-associated proteins in the same sample. Here we describe Multiple Target Identification by Tagmentation (MulTI-Tag), an antibody barcoding approach for profiling multiple chromatin features simultaneously in single cells. We optimized MulTI-Tag to retain high sensitivity and specificity, and we demonstrate detection of up to three histone modifications in the same cell: H3K27me3, H3K4me1/2 and H3K36me3. We apply MulTI-Tag to resolve distinct cell types and developmental trajectories; to distinguish unique, coordinated patterns of active and repressive element regulatory usage associated with differentiation outcomes; and to uncover associations between histone marks. Multifactorial epigenetic profiling holds promise for comprehensively characterizing cell-specific gene regulatory landscapes in development and disease. A scalable barcoding method measures multiple chromatin-associated proteins in single cells.
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影响因子：
46.9
作者：
Becht, Etienne;McInnes, Leland;Newell, Evan W.
通讯作者：
Newell, Evan W.
影响因子：
64.5
作者：
Gifford CA;Ziller MJ;Gu H;Trapnell C;Donaghey J;Tsankov A;Shalek AK;Kelley DR;Shishkin AA;Issner R;Zhang X;Coyne M;Fostel JL;Holmes L;Meldrim J;Guttman M;Epstein C;Park H;Kohlbacher O;Rinn J;Gnirke A;Lander ES;Bernstein BE;Meissner A
通讯作者：
Meissner A
DOI：
10.1126/science.1198704
发表时间：
2011-05-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Bendall SC;Simonds EF;Qiu P;Amir el-AD;Krutzik PO;Finck R;Bruggner RV;Melamed R;Trejo A;Ornatsky OI;Balderas RS;Plevritis SK;Sachs K;Pe'er D;Tanner SD;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
影响因子：
30.8
作者：
Grosselin, Kevin;Durand, Adeline;Gerard, Annabelle
通讯作者：
Gerard, Annabelle
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
影响因子：
64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ