Evaluation of GENECUBE Mycoplasma for the detection of macrolide-resistant Mycoplasma pneumoniae
Evaluation of GENECUBE Mycoplasma for the detection of macrolide-resistant Mycoplasma pneumoniae
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DOI：
10.1099/jmm.0.001264
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发表时间：
2020-01-01
影响因子：
3
通讯作者：
Yanagihara, Katsunori
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Morinaga, Yoshitomo;Suzuki, Hiromichi;Yanagihara, Katsunori
导论.肺炎支原体对大环内酯类抗生素的耐药性在适当的治疗和诊断管理方面变得不可忽视。分子方法对于鉴定肺炎支原体及其23 S核糖体RNA（rRNA）耐药相关突变具有吸引人的特点。自动化分子诊断系统可以鉴定耐大环内酯类的M。pneumoniae.Aim.评估自动化分子诊断系统GENECUBE支原体检测大环内酯类耐药相关突变的性能。为了评价该系统是否可以区分突变体和野生型23S rRNA，测定了模拟已知突变（高水平大环内酯类耐药，2063和2064位突变;低水平大环内酯类耐药，2067位突变）的合成寡核苷酸。为了评价临床口咽样品，从M.使用GENECUBE系统对来自9家医院的肺炎阳性样本进行检测。经M.方法：对2009年10月至2011年10月在我院住院的2009年10月31日期间的2009年10月至2011年10月31日期间的2009年10月至2011年10月31日期间的2009年10月至2011年10月31日期间的2009年10月31日期间的2009年10月至2011年10月31日期间的2009年10月31日期间的2009年10月至2011年10月31日期间的2009年10月至2011年10月31日期间的2009年10月31日期间的2009年10月至2011年10月31日期间的2009年10月31日期间的2009年1该系统可重复地鉴定与高水平大环内酯类耐药相关的所有合成寡核苷酸。仅观察到A2067G的检测误差（10次测量中的2次）。在249例确诊的支原体中，67例（26.9%）检出23SrRNA点突变.肺炎阳性临床样本。在67个样品中分别在65个（97.0%）、2个（3.0%）和0个（0.0%）位置2063、2064和2617处观察到突变。2063和2064位的突变分别为A2063G和A2064G。GENECUBE支原体突变分型结果与序列分型结果完全一致。GENECUBE支原体是鉴定具有临床意义的大环内酯类耐药支原体的可靠检测方法。肺炎。
Introduction. Resistance against macrolide antibiotics in Mycoplasma pneumoniae is becoming non negligible in terms of both appropriate therapy and diagnostic stewardship. Molecular methods have attractive features for the identification of Myco plasma pneumoniae as well as its resistance-associated mutations of 23S ribosomal RNA (rRNA).Hypothesis/Gap Statement. The automated molecular diagnostic sytem can identify macrolide-resistant M. pneumoniae.Aim. To assess the performance of an automated molecular diagnostic system, GENECUBE Mycoplasma, in the detection of macrolide resistance-associated mutations.Methodology. To evaluate whether the system can distinguish mutant from wild-type 23S rRNA, synthetic oligonucleotides mimicking known mutations (high-level macrolide resistance, mutation in positions 2063 and 2064; low-level macrolide resistance, mutation in position 2067) were assayed. To evaluate clinical oropharyngeal samples, purified nucleic acids were obtained from M. pneumoniae-positive samples by using the GENECUBE system from nine hospitals. After confirmation by re-evaluation of M. pneumoniae positivity, Sanger-based sequencing of 23S rRNA and mutant typing using GENECUBE Mycoplasma were performed.Results. The system reproducibly identified all synthetic oligonucleotides associated with high-level macrolide resistance. Detection errors were only observed for A2067G (in 2 of the 10 measurements). The point mutation in 23S rRNA was detected in 67 (26.9 %) of 249 confirmed M. pneumoniae-positive clinical samples. The mutations at positions 2063, 2064 and 2617 were observed in 65 (97.0 %), 2 (3.0 %) and 0 (0.0 %) of the 67 samples, respectively. The mutations at positions 2063 and 2064 were A2063G and A2064G, respectively. The results from mutant typing using GENECUBE Mycoplasma were in full agreement with the results from sequence-based typing.Conclusion. GENECUBE Mycoplasma is a reliable test for the identification of clinically significant macrolide-resistant M. pneumoniae.