New ways to boost molecular dynamics simulations.
New ways to boost molecular dynamics simulations.
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DOI：
10.1002/jcc.23899
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发表时间：
2015-05-15
影响因子：
3
通讯作者：
Vriend G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Krieger E;Vriend G
我们描述了一套算法，允许模拟二氢叶酸还原酶（DHFR，通用基准测试），AMBER全原子力场在单个Intel Core i7 5960X CPU上以160纳秒/天的速度运行（无图形处理单元（GPU），23，786个原子，粒子网格埃瓦尔德（PME），8.0赫兹截止，正确的原子质量，可再现的轨迹，3.6 GHz的CPU，无涡轮增压，8个AVX寄存器）。新功能包括混合多时间步长算法（达到5 fs）、LINCS的优化版本以约束键角、对列表创建和力计算的融合、压力与“densostat”的耦合以及AVX 2等新CPU指令集的开发。还分析了英特尔新的事务内存、原子指令和松散对列表的影响。该算法可以很好地映射到GPU，并可以自动处理大多数蛋白质数据库（PDB）文件，包括配体。实施方式可作为YASARA分子建模和模拟程序的一部分从www.YASARA.org. © 2015 The Authors Journal of Computational Chemistry Published by Wiley Periodicals，Inc.
We describe a set of algorithms that allow to simulate dihydrofolate reductase (DHFR, a common benchmark) with the AMBER all‐atom force field at 160 nanoseconds/day on a single Intel Core i7 5960X CPU (no graphics processing unit (GPU), 23,786 atoms, particle mesh Ewald (PME), 8.0 Å cutoff, correct atom masses, reproducible trajectory, CPU with 3.6 GHz, no turbo boost, 8 AVX registers). The new features include a mixed multiple time‐step algorithm (reaching 5 fs), a tuned version of LINCS to constrain bond angles, the fusion of pair list creation and force calculation, pressure coupling with a “densostat,” and exploitation of new CPU instruction sets like AVX2. The impact of Intel's new transactional memory, atomic instructions, and sloppy pair lists is also analyzed. The algorithms map well to GPUs and can automatically handle most Protein Data Bank (PDB) files including ligands. An implementation is available as part of the YASARA molecular modeling and simulation program from www.YASARA.org. © 2015 The Authors Journal of Computational Chemistry Published by Wiley Periodicals, Inc.
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影响因子：
3.7
作者：
Lindorff-Larsen K;Maragakis P;Piana S;Eastwood MP;Dror RO;Shaw DE
通讯作者：
Shaw DE
影响因子：
5.5
作者：
Hess, Berk;Kutzner, Carsten;Lindahl, Erik
通讯作者：
Lindahl, Erik
影响因子：
3.4
作者：
Piana, Stefano;Lindorff-Larsen, Kresten;Shaw, David E.
通讯作者：
Shaw, David E.
影响因子：
5.5
作者：
Hess, Berk
通讯作者：
Hess, Berk
影响因子：
2.9
作者：
Krieger, E;Darden, T;Vriend, G
通讯作者：
Vriend, G