Accuracy of phylogeny reconstruction methods combining overlapping gene data sets.
Accuracy of phylogeny reconstruction methods combining overlapping gene data sets.
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DOI：
10.1186/1748-7188-5-37
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发表时间：
2010-12-06
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
von Haeseler A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kupczok A;Schmidt HA;von Haeseler A
许多具有重叠分类单元集的基因比对的可用性提出了一个问题，即哪种策略是从多个基因信息中推断物种系统发育的最好策略。以不同方式使用基因比对来重建物种树的方法和程序比比皆是。具体地说，不同的方法在从底层序列到最终树的不同点处组合原始数据。相应地，它们被分为超比对、超树和中级方法。在这里，我们提供了一个模拟研究，以比较这三种方法的不同方法。我们观察到，超比对方法通常在包括稀疏数据和特定于基因的进化参数在内的广泛参数上优于其他方法。然而，在基因树之间存在高度不一致的情况下，其他组合方法表现出比超比对方法更好的性能。令人惊讶的是，一些超树和中等水平的方法平均表现出比具有完整分类单元信息的单基因系统发育更差的结果。在某些方法中，使用重构的基因树作为物种树的估计优于不完全信息的组合。超对齐通常执行得最好，因为它不太容易受到随机误差的影响。在存在基因-树冲突的情况下，超树方法的性能优于超比对。
The availability of many gene alignments with overlapping taxon sets raises the question of which strategy is the best to infer species phylogenies from multiple gene information. Methods and programs abound that use the gene alignment in different ways to reconstruct the species tree. In particular, different methods combine the original data at different points along the way from the underlying sequences to the final tree. Accordingly, they are classified into superalignment, supertree and medium-level approaches. Here, we present a simulation study to compare different methods from each of these three approaches. We observe that superalignment methods usually outperform the other approaches over a wide range of parameters including sparse data and gene-specific evolutionary parameters. In the presence of high incongruency among gene trees, however, other combination methods show better performance than the superalignment approach. Surprisingly, some supertree and medium-level methods exhibit, on average, worse results than a single gene phylogeny with complete taxon information. For some methods, using the reconstructed gene tree as an estimation of the species tree is superior to the combination of incomplete information. Superalignment usually performs best since it is less susceptible to stochastic error. Supertree methods can outperform superalignment in the presence of gene-tree conflict.
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