A genome-scale CRISPR interference guide library enables comprehensive phenotypic profiling in yeast.
A genome-scale CRISPR interference guide library enables comprehensive phenotypic profiling in yeast.
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DOI：
10.1186/s12864-021-07518-0
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发表时间：
2021-03-23
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Ingolia NT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McGlincy NJ;Meacham ZA;Reynaud KK;Muller R;Baum R;Ingolia NT
CRISPR/ cas9介导的转录干扰（CRISPRi）使可编程基因敲除，产生几乎任何基因的功能丧失表型。有效的、可诱导的CRISPRi已在出芽酵母中得到证实，基因组规模的引导文库使系统的、全基因组的遗传分析成为可能。我们提出了一个全面的酵母CRISPRi文库，基于经验设计规则，包含10个不同的大多数基因指南。聚集转化后的竞争生长揭示了大多数必需基因的强适应度缺陷，验证了文库提供了全面的基因组覆盖。我们利用针对必需基因的不同向导导致的相对生长缺陷，进一步完善酵母CRISPRi设计规则。为了在混合筛选中获得更准确和可靠的指南丰度测量，我们将指南与随机核苷酸条形码连接起来，并通过体外转录进行线性扩增。总之，我们展示了一个广泛有用的平台，可以在酵母中进行全面、高精度的CRISPRi筛选。在线版本包含补充材料，可在10.1186/s12864-021-07518-0获得。
CRISPR/Cas9-mediated transcriptional interference (CRISPRi) enables programmable gene knock-down, yielding loss-of-function phenotypes for nearly any gene. Effective, inducible CRISPRi has been demonstrated in budding yeast, and genome-scale guide libraries enable systematic, genome-wide genetic analysis. We present a comprehensive yeast CRISPRi library, based on empirical design rules, containing 10 distinct guides for most genes. Competitive growth after pooled transformation revealed strong fitness defects for most essential genes, verifying that the library provides comprehensive genome coverage. We used the relative growth defects caused by different guides targeting essential genes to further refine yeast CRISPRi design rules. In order to obtain more accurate and robust guide abundance measurements in pooled screens, we link guides with random nucleotide barcodes and carry out linear amplification by in vitro transcription. Taken together, we demonstrate a broadly useful platform for comprehensive, high-precision CRISPRi screening in yeast. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12864-021-07518-0.
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