A geometrical perspective on development
A geometrical perspective on development
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发展的几何视角
DOI：
10.1111/dgd.12855
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Siggia, Eric D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Raju, Archishman;Siggia, Eric D.
细胞命运的决定是一套复杂的基因调控网络的结果。众所周知，这些网络的模型具有比数据能够确定的更多的参数。最近的研究灵感来自沃丁顿对风景的比喻，相反，他们试图理解基因调控网络的几何形状。在这里，我们描述了关于构建这些景观的适当数学框架的最新结果。这允许构建与细胞行为一致的最小参数模型。我们回顾了现有的例子，其中几何模型已经被用来拟合关于细胞命运的实验数据，并描述了如何从几何上理解细胞之间的空间相互作用。
Cell fate decisions emerge as a consequence of a complex set of gene regulatory networks. Models of these networks are known to have more parameters than data can determine. Recent work, inspired by Waddington's metaphor of a landscape, has instead tried to understand the geometry of gene regulatory networks. Here, we describe recent results on the appropriate mathematical framework for constructing these landscapes. This allows the construction of minimally parameterized models consistent with cell behavior. We review existing examples where geometrical models have been used to fit experimental data on cell fate and describe how spatial interactions between cells can be understood geometrically.
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时间：清爽的河流
DOI：
--
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
作者：
J. Needham
通讯作者：
J. Needham
影响因子：
11.8
作者：
Simon CS;Rahman S;Raina D;Schröter C;Hadjantonakis AK
通讯作者：
Hadjantonakis AK
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影响因子：
7.7
作者：
Corson F;Siggia ED
通讯作者：
Siggia ED
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影响因子：
3.4
作者：
Wang, Jin;Xu, Li;Huang, Sui
通讯作者：
Huang, Sui
影响因子：
56.9
作者：
Raspopovic, J.;Marcon, L.;Sharpe, J.
通讯作者：
Sharpe, J.