A benchmark for comparison of cell tracking algorithms.
A benchmark for comparison of cell tracking algorithms.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu080
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发表时间：
2014-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ortiz-de-Solorzano C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Maška M;Ulman V;Svoboda D;Matula P;Matula P;Ederra C;Urbiola A;España T;Venkatesan S;Balak DM;Karas P;Bolcková T;Streitová M;Carthel C;Coraluppi S;Harder N;Rohr K;Magnusson KE;Jaldén J;Blau HM;Dzyubachyk O;Křížek P;Hagen GM;Pastor-Escuredo D;Jimenez-Carretero D;Ledesma-Carbayo MJ;Muñoz-Barrutia A;Meijering E;Kozubek M;Ortiz-de-Solorzano C
动机：在多维延时荧光显微镜中自动跟踪细胞在许多生物医学应用中是一项重要任务。在IEEE生物医学成像国际研讨会2013细胞跟踪挑战赛的主持下，建立了一个新的框架，用于客观评估细胞跟踪算法。在这篇文章中，我们提出了挑战的逻辑，数据集，方法和结果，并为未来使用这个基准制定了原则。结果如下：该挑战的主要贡献包括创建一个全面的视频数据集存储库，以及定义用于算法比较和排名的客观措施。在此基准测试中，对涵盖各种分割和跟踪范例的六种算法进行了比较，并根据它们在合成和真实的数据集上的性能进行了排名。考虑到数据集的多样性，我们不会宣布一个单一的赢家。相反，我们分别介绍和讨论每个数据集的结果。可用性和实施：挑战网站（http：//www.codesolorzano.com/celltrackingchallenge）提供了对训练和比赛数据集的访问，沿着训练视频的基本事实。它还提供了对评估软件的Windows和Linux可执行文件以及参与挑战的大多数算法的访问。联系方式：codesolorzano@unav.es补充信息：补充数据可从生物信息学在线网站获得。
Motivation: Automatic tracking of cells in multidimensional time-lapse fluorescence microscopy is an important task in many biomedical applications. A novel framework for objective evaluation of cell tracking algorithms has been established under the auspices of the IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2013 Cell Tracking Challenge. In this article, we present the logistics, datasets, methods and results of the challenge and lay down the principles for future uses of this benchmark. Results: The main contributions of the challenge include the creation of a comprehensive video dataset repository and the definition of objective measures for comparison and ranking of the algorithms. With this benchmark, six algorithms covering a variety of segmentation and tracking paradigms have been compared and ranked based on their performance on both synthetic and real datasets. Given the diversity of the datasets, we do not declare a single winner of the challenge. Instead, we present and discuss the results for each individual dataset separately. Availability and implementation: The challenge Web site (http://www.codesolorzano.com/celltrackingchallenge) provides access to the training and competition datasets, along with the ground truth of the training videos. It also provides access to Windows and Linux executable files of the evaluation software and most of the algorithms that competed in the challenge. Contact: codesolorzano@unav.es Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
3.7
作者：
Rapoport DH;Becker T;Madany Mamlouk A;Schicktanz S;Kruse C
通讯作者：
Kruse C
影响因子：
3.7
作者：
Lin, G;Chawla, MK;Roysam, B
通讯作者：
Roysam, B
影响因子：
10.6
作者：
Dzyubachyk, Oleh;van Cappellen, Wiggert A.;Meijering, Erik
通讯作者：
Meijering, Erik
影响因子：
10.6
作者：
Maska, Martin;Danek, Ondrej;Ortiz-de-Solorzano, Carlos
通讯作者：
Ortiz-de-Solorzano, Carlos
DOI：
10.1109/tpami.2013.97
发表时间：
2013-11-01
影响因子：
23.6
作者：
Chenouard, Nicolas;Bloch, Isabelle;Olivo-Marin, Jean-Christophe
通讯作者：
Olivo-Marin, Jean-Christophe