Unconventional Secondary Structure Mimics: Ladder-Rungs.
Unconventional Secondary Structure Mimics: Ladder-Rungs.
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DOI：
10.1002/anie.202002639
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发表时间：
2020-06-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Burgess K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lin CM;Arancillo M;Whisenant J;Burgess K
二级结构往往是可识别的，因为它们具有重复的结构基序，但对这些基序的模仿并不一定要遵循这种明确的模式。生物信息学研究将一种新的乙内酰脲三唑化学型（1）的侧链方向与蛋白质-蛋白质界面相匹配，发现它倾向于在平行和反平行的片层上很好地对齐，就像梯子上的梯级一样。其中一组重叠图用于蛋白质-蛋白质相互作用uPA·uPAR。因此，制备具有适当侧链的化学型1以在该界面模拟uPA。生物物理分析表明，这些化合物实际上结合uPAR，并引起细胞反应，影响入侵，迁移和伤口愈合。迈向新的肽模拟物。自下而上的方法用于设计覆盖在β-发夹上的阶梯-梯级模拟化学型以干扰蛋白质-蛋白质相互作用。在超过250，000个PDB的数据库上评估化学型，然后进行生物测定以探测uPA·uPAR蛋白相互作用的抑制。
Secondary structures tend to be recognizable because they have repeating structural motifs, but mimicry of these does not have to follow such well-defined patterns. Bioinformatics studies to match side-chain orientations of a novel hydantoin triazole chemotype (1) to protein-protein interfaces revealed it tends to align well across parallel and antiparallel sheets, like rungs on a ladder. One set of these overlays was observed for the protein-protein interaction uPA•uPAR. Consequently, chemotype 1 was made with appropriate side-chains to mimic uPA at this interface. Biophysical assays indicate these compounds did in fact bind uPAR, and elicit cellular responses that affected invasion, migration, and wound healing. Steps towards new peptidomimetics. A bottom up approach was used to design a ladder-rung mimic chemotype overlaying across β-hairpins to perturb protein-protein interactions. The chemotype was evaluated on a databank of over 250,000 PDBs followed by biological assays to probe the inhibition of uPA•uPAR protein interactions.
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影响因子：
3.5
作者：
Mani T;Wang F;Knabe WE;Sinn AL;Khanna M;Jo I;Sandusky GE;Sledge GW Jr;Jones DR;Khanna R;Pollok KE;Meroueh SO
通讯作者：
Meroueh SO
影响因子：
5.6
作者：
Gonias SL;Hu J
通讯作者：
Hu J
DOI：
10.1002/prot.340230412
发表时间：
1995-12-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Frishman, D;Argos, P
通讯作者：
Argos, P
影响因子：
15
作者：
Ko, Eunhwa;Raghuraman, Arjun;Burgess, Kevin
通讯作者：
Burgess, Kevin
影响因子：
3.4
作者：
Mani, Timmy;Liu, Degang;Zhou, Donghui;Li, Liwei;Knabe, William Eric;Wang, Fang;Oh, Kyungsoo;Meroueh, Samy O.
通讯作者：
Meroueh, Samy O.