Suitable reference genes for real-time quantitative PCR in Salsola laricifilia under five abiotic stresses
Suitable reference genes for real-time quantitative PCR in Salsola laricifilia under five abiotic stresses
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五种非生物胁迫下落叶猪毛菜实时定量PCR的合适内参基因
DOI：
10.32615/bp.2019.044
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发表时间：
2019-01
影响因子：
1.5
通讯作者：
Feng Y.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Y. -F.;Wen Z. -B.;Wang Y.;Wang Y. -L.;Feng Y.
松枝猪毛菜（Salsola laricifolia）是一种典型的C3-C4荒漠植物，对研究其抗旱基因进化和抗旱机制具有重要意义。逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）是基因表达研究的首选方法，但它需要稳定的参考基因进行标准化。因此，我们测试了五个候选参考基因在S.落叶松：EF 1 α（延伸因子1-α）、ACT（肌动蛋白）、GAPDH（甘油醛-3-磷酸脱氢酶）、TUB（微管蛋白）和18 S（18 S核糖体RNA）。在阿坝、NaCl、NaHCO 3、黑暗和渗透胁迫（PEG 6000）等5种胁迫条件下，检测不同组织中的表达。使用了四种常用的软件程序（geNorm、Normalware、BestKeeper和Referral）。结果显示以下最稳定的参考基因：GAPDH用于阿坝和黑暗处理; EF 1a用于NaCl、PEG和所有样品; TUB用于NaHCO 3;以及18 S用于对照。ACT在任何组中均未排名第一，并且是黑暗、NaHCO 3和PEG下最不稳定的参考基因。此外，通过geNorm算法进行的成对分析显示，两个最佳参考基因是对照的18 S和EF 1a，阿坝和黑暗处理的GAPDH和18 S，NaCl处理的EF 1a和TUB，NaHCO 3处理的TUB和18 S，PEG处理的EF 1a和GAPDH，以及所有样品的EF 1a和18 S。RT-qPCR的参考基因在S.在我们的研究中鉴定的落叶松将有助于未来靶基因表达的工作。
Salsola laricifolia, a typical C3-C4 intermediate desert plant, is an important for understanding gene evolution and mechanisms for drought resistance. The reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) is a preferred choice for gene expression studies, but it requires stable reference genes for normalization. Therefore, we tested the expression stability of five candidate reference genes in S. laricifolia: EF1α (elongation factor 1-α), ACT (actin), GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase), TUB (tubulin), and 18S (18S ribosomal RNA). The expressions were tested in different tissues and under five stresses caused by abscisic acid (ABA), NaCl, NaHCO3, darkness, and osmotic stress (polyethylene glycol 6000, PEG). Four commonly used software programs (geNorm, NormFinder, BestKeeper, and RefFinder) were used. The results show the following most stable reference genes: GAPDH for ABA and dark treatments; EF1a for NaCl, PEG; and all samples; TUB for NaHCO3; and 18S for the controls. The ACT was not ranked first in any group, and was the least stable reference gene under the dark, NaHCO3, and PEG. Moreover, pairwise analysis by the geNorm algorithm shows that two best reference genes were 18S and EF1a for the controls, GAPDH, and 18S for the ABA and dark treatments, EF1a and TUB for the NaCl treatment, TUB and 18S for the NaHCO3 treatment, EF1a and GAPDH for the PEG treatment, and EF1a and 18S for all samples. The reference genes for RT-qPCR in S. laricifolia identified in our study will facilitate future work on targeted gene expression.
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