AffinDB: a freely accessible database of affinities for protein-ligand complexes from the PDB.
AffinDB: a freely accessible database of affinities for protein-ligand complexes from the PDB.
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DOI：
10.1093/nar/gkj039
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Klebe, Gerhard
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Block, Peter;Sotriffer, Christoph A.;Dramburg, Ingo;Klebe, Gerhard
AffinDB是来自蛋白质数据库（PDB）的结构解析蛋白质-配体复合物的亲和力数据库。它是免费访问。从科学文献中收集亲和力数据，包括描述亲和力测定的原始实验工作的主要来源和报告由他人测定的亲和力值的次要参考文献。AffinDB目前包含超过730个亲和条目，涵盖超过450种不同的蛋白质-配体复合物。除了亲和力值，还提供了PDB总结信息和其他数据，包括亲和力测量的实验条件（如果在相应的参考文献中可用）; 2D绘图，SMILES代码和配体的分子量;到其他数据库的链接和书目信息。AffinDB可以通过PDB代码或亲和力范围、测量温度和pH值、配体分子量和出版数据（作者、期刊和年份）的任何组合进行查询。搜索结果可以保存为文本文件中的表格报告。该数据库应该是一个有价值的资源，为研究人员感兴趣的生物分子识别和相关的结构数据与亲和力，根据需要，例如，在基于结构的药物设计的工具的开发。
AffinDB is a database of affinity data for structurally resolved protein–ligand complexes from the Protein Data Bank (PDB). It is freely accessible at . Affinity data are collected from the scientific literature, both from primary sources describing the original experimental work of affinity determination and from secondary references which report affinity values determined by others. AffinDB currently contains over 730 affinity entries covering more than 450 different protein–ligand complexes. Besides the affinity value, PDB summary information and additional data are provided, including the experimental conditions of the affinity measurement (if available in the corresponding reference); 2D drawing, SMILES code and molecular weight of the ligand; links to other databases, and bibliographic information. AffinDB can be queried by PDB code or by any combination of affinity range, temperature and pH value of the measurement, ligand molecular weight, and publication data (author, journal and year). Search results can be saved as tabular reports in text files. The database is supposed to be a valuable resource for researchers interested in biomolecular recognition and the development of tools for correlating structural data with affinities, as needed, for example, in structure-based drug design.
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