Changes in DNA methylation of tandem DNA repeats are different from interspersed repeats in cancer.
Changes in DNA methylation of tandem DNA repeats are different from interspersed repeats in cancer.
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串联DNA重复序列的DNA甲基化的变化与癌症中散布的重复序列不同。
DOI：
10.1002/ijc.24384
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发表时间：
2009-08-01
影响因子：
6.4
通讯作者：
Yang AS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Choi SH;Worswick S;Byun HM;Shear T;Soussa JC;Wolff EM;Douer D;Garcia-Manero G;Liang G;Yang AS
DNA 重复元件的低甲基化是癌症中的常见现象，但人们对不同类型 DNA 重复元件的 DNA 甲基化变化知之甚少，例如散布重复序列（LINE1 和 Alu Yb8）和串联重复序列（Sat-α、NBL-2 和 D4Z4）。我们使用亚硫酸氢盐-PCR 焦磷酸测序定量测量正常组织和癌症中 5 种不同 DNA 重复元件的 DNA 甲基化。我们总共研究了来自 4 名尸检个体的 10 种不同组织、来自膀胱癌患者、58 名慢性粒细胞白血病患者和 23 名急性早幼粒细胞白血病患者的 34 配对正常组织和肿瘤组织。我们发现，散布重复序列（LINE1 和 Alu Yb8）的 DNA 甲基化在人与人之间、组织与组织之间非常一致，而串联 DNA 重复序列在正常组织中则表现出更大的变异性。在膀胱癌中，我们发现 LINE1、Alu Yb8、Sat-α 和 NBL-2 明显低甲基化。相反，我们发现 D4Z4 的 DNA 甲基化水平从正常到癌症有所增加。相比之下，白血病中 LINE1 和 Alu Yb8 的 DNA 甲基化没有显着变化，但 NBL-2 和 D4Z4 串联重复序列中的 DNA 甲基化增加。我们的研究结果表明，单个DNA重复元件的DNA甲基化水平的变化对于每个重复元件都是独特的，这可能反映了不同的表观遗传因素，并且可能对使用重复元件的DNA甲基化作为全局DNA甲基化生物标志物具有重要意义。关键词: DNA甲基化, DNA重复元件, 膀胱癌, 白血病
Hypomethylation of DNA repetitive elements is a common finding in cancer, but very little is known about the DNA methylation changes of different types of DNA repetitive elements, such as interspersed repeats (LINE1 and Alu Yb8) and tandem repeats (Sat-α, NBL-2 and D4Z4). We used bisulfite-PCR Pyrosequencing to quantitatively measure the DNA methylation of 5 different DNA repetitive elements in normal tissue and cancer. In all we studied 10 different tissues from 4 individuals undergoing autopsy, 34 paired normal and tumor tissues from patients with bladder cancer, 58 patients with chronic myelogenous leukemia and 23 patients with acute promyelocytic leukemia. We found that the DNA methylation of interspersed repeats (LINE1 and Alu Yb8) was very consistent from person to person and tissue to tissue while tandem DNA repeats appeared more variable in normal tissues. In bladder cancer we found clear hypomethylation of LINE1, Alu Yb8, Sat-α, and NBL-2. Conversely, we found an increase in the DNA methylation levels of D4Z4 from normal to cancer. In contrast leukemia showed no significant changes in the DNA methylation of LINE1 and Alu Yb8, but DNA methylation increases in NBL-2 and D4Z4 tandem repeats. Our findings show that the changes in DNA methylation levels of individual DNA repetitive elements are unique for each repetitive element, which may reflect distinct epigenetic factors and may have important implications in the use of DNA methylation of repetitive elements as global DNA methylation biomarkers. Keywords: DNA methylation, DNA repetitive elements, bladder cancer, leukemia
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