Spontaneous sharp bending of DNA: role of melting bubbles
Spontaneous sharp bending of DNA: role of melting bubbles
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DNA 自发急剧弯曲：融化气泡的作用
作者：
Chongli Yuan;E. Rhoades;X. Lou;L. Archer
中心定位和分布的碱基对错配（“熔融气泡”）的作用，对局部弯曲和刚度的短dsDNA片段进行评估，使用时间依赖性荧光寿命测量。分布式熔融气泡被发现诱导更大的弯曲角度和降低水平的刚度比位于中心的可比的整体尺寸的DNA。我们的研究结果表明，即使在没有DNA结合蛋白的情况下，DNA双链体的自发局部开放也可以促进短DNA链的急剧弯曲。我们还发现，两个紧密间隔的熔融气泡的发生通常是有利的，当一个大的能量障碍，必须克服在形成所需的弯曲DNA结构。
The role of centrally located and distributed base pair mismatches (‘melting bubbles’) on localized bending and stiffness of short dsDNA fragments is evaluated using time-dependent fluorescence lifetime measurements. Distributed melting bubbles are found to induce larger bending angles and decreased levels of stiffness in DNA than centrally located ones of comparable overall size. Our results indicate that spontaneous local opening-up of the DNA duplex could facilitate sharp bending of short DNA strands even in the absence of DNA binding proteins. We also find that the occurrence of two closely spaced melting bubbles will generally be favored when a large energetic barrier must be overcome in forming the desired bent DNA structure.
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影响因子：
2.4
作者：
Wiggins, PA;Phillips, R;Nelson, PC
通讯作者：
Nelson, PC
影响因子：
3.4
作者：
Murphy, MC;Rasnik, I;Ha, TJ
通讯作者：
Ha, TJ
DOI：
10.1073/pnas.0500983102
发表时间：
2005-04-12
影响因子：
11.1
作者：
Du, Q;Smith, C;Vologodskii, A
通讯作者：
Vologodskii, A
影响因子：
3.4
作者：
Zhang, YL;Crothers, DM
通讯作者：
Crothers, DM
影响因子：
16
作者：
Cloutier, TE;Widom, J
通讯作者：
Widom, J