A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms
A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms
复制标题
DOI：
10.1038/s41592-019-0358-2
复制
发表时间：
2019-04-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Saito, Kazuki
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tsugawa, Hiroshi;Nakabayashi, Ryo;Saito, Kazuki
我们报告了一种使用完全 C-13 标记和非标记植物以及 LC-MS/MS 进行代谢物结构表征的计算方法（在 MS-DIAL 3.0 中实现；http://prime.psc.riken.jp/）。我们的方法有助于未知分子的碳数测定和代谢物分类。将我们的方法应用于 12 个植物物种的 31 个组织，我们为 3,604 个碳测定的代谢物离子分配了 1,092 个结构和 344 个分子式，其中 69 个被发现代表目前代谢组数据库中未列出的结构。
We report a computational approach (implemented in MS-DIAL 3.0; http://prime.psc.riken.jp/) for metabolite structure characterization using fully C-13-labeled and non-labeled plants and LC-MS/MS. Our approach facilitates carbon number determination and metabolite classification for unknown molecules. Applying our method to 31 tissues from 12 plant species, we assigned 1,092 structures and 344 formulae to 3,604 carbon-determined metabolite ions, 69 of which were found to represent structures currently not listed in metabolome databases.