Definitive Screening Designs to Optimize Library-Free DIA-MS Identification and Quantification of Neuropeptides.
Definitive Screening Designs to Optimize Library-Free DIA-MS Identification and Quantification of Neuropeptides.
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确定的筛选设计，以优化无文库的DIA-MS识别和神经肽的定量。
DOI：
10.1021/acs.jproteome.3c00088
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发表时间：
2023-05-05
影响因子：
4.4
通讯作者：
Li, Lingjun
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Phetsanthad, Ashley;Carr, Austin V.;Fields, Lauren;Li, Lingjun
关键词：
方法优化是质谱分析成功的关键。然而，由于时间和样品数量的实际限制，很少进行单独改变各种参数的广泛方法评估。为了最大限度地优化样本空间，同时保持合理的仪器要求，一个明确的筛选设计（DSD）的数据独立的采集（DIA）参数的系统优化，以最大限度地提高甲壳动物神经肽的识别。虽然DSD需要多次进样，但无库方法可以使用替代样品来全面优化MS参数，以评估来自有限样品的生物分子。我们确定了几个参数贡献显着的一阶或二阶效应的方法的性能，和DSD模型预测的理想值来实现。这些增加的再现性和检测能力，使461肽的鉴定，相比之下，375和262肽通过数据依赖性采集（DDA）和公布的DIA方法的甲壳动物神经肽，分别确定。在本文中，我们展示了DSD优化工作流程，使用标准材料，不依赖于光谱库来分析来自有限可用性的先前样品的任何低丰度分子。这将DIA方法扩展到在疾病样品中失调或仅可检测到的低丰度同种型，从而改善了以前无法获得的生物分子（如神经肽）的表征。数据可通过ProteomeXchange获得，标识符为PXD 038520。
Method optimization is crucial for successful mass spectrometry (MS) analysis. However, extensive method assessments, altering various parameters individually, are rarely performed due to practical limitations regarding time and sample quantity. To maximize sample space for optimization while maintaining reasonable instrumentation requirements, a definitive screening design (DSD) is leveraged for systematic optimization of data-independent acquisition (DIA) parameters to maximize crustacean neuropeptide identifications. While DSDs require several injections, a library-free methodology enables surrogate sample usage for comprehensive optimization of MS parameters to assess biomolecules from limited samples. We identified several parameters contributing significant first- or second-order effects to method performance, and the DSD model predicted ideal values to implement. These increased reproducibility and detection capabilities enabled the identification of 461 peptides, compared to 375 and 262 peptides identified through data-dependent acquisition (DDA) and a published DIA method for crustacean neuropeptides, respectively. Herein, we demonstrate a DSD optimization workflow, using standard material, not reliant on spectral libraries for the analysis of any low abundance molecules from previous samples of limited availability. This extends the DIA method to low abundance isoforms dysregulated or only detectable in disease samples, thus improving characterization of previously inaccessible biomolecules, such as neuropeptides. Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD038520.
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影响因子：
4.4
作者：
Kalli A;Smith GT;Sweredoski MJ;Hess S
通讯作者：
Hess S
影响因子：
1.6
作者：
Aburaya, Shunsuke;Aoki, Wataru;Ueda, Mitsuyoshi
通讯作者：
Ueda, Mitsuyoshi
DOI：
10.1074/mcp.ra117.000314
发表时间：
2017-12
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Bruderer R;Bernhardt OM;Gandhi T;Xuan Y;Sondermann J;Schmidt M;Gomez-Varela D;Reiter L
通讯作者：
Reiter L
影响因子：
7.4
作者：
Elmiger, Marco P.;Poetzsch, Michael;Kraemer, Thomas
通讯作者：
Kraemer, Thomas
DOI：
10.1016/j.jpba.2015.10.005
发表时间：
2016-01-25
影响因子：
3.4
作者：
Jadhav, Sushant Bhimrao;Kumar, C. Kiran;Bhosale, P. N.
通讯作者：
Bhosale, P. N.