MAGI: a Node.js web service for fast microRNA-Seq analysis in a GPU infrastructure.
MAGI: a Node.js web service for fast microRNA-Seq analysis in a GPU infrastructure.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu377
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发表时间：
2014-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ohno-Machado L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim J;Levy E;Ferbrache A;Stepanowsky P;Farcas C;Wang S;Brunner S;Bath T;Wu Y;Ohno-Machado L
摘要：MAGI是一种在图形处理单元(GPU)基础设施中用于快速microRNA-Seq数据分析的Web服务。只需使用一个浏览器，用户就可以在短短几个小时内以Web报告的形式访问结果-与最先进的产品相比，端到端性能提高了600%。MAGI的突出特点是：(I)通过拖放操作以本地FASTA With Quality(FASTQ)格式传输大型输入文件；(Ii)利用GPU设备的并行计算对microRNA目标基因进行快速预测；(Iii)利用新颖的特征提取、差异表达的统计测试和质量控制的诊断曲线图生成的一体化分析；以及(Iv)在易于发布的网络报告中对结果进行交互式可视化和探索。可用性和实现：MAGI依赖于Node.js JavaScript框架，以及NVIDIA CUDA C、php：超文本预处理器(Php)、perl和R。它可以在http://magi.ucsd.edu.免费获得联系方式：j5kim@ucsd.edu补充信息：补充数据可在BioInformation Online上获得。
Summary: MAGI is a web service for fast MicroRNA-Seq data analysis in a graphics processing unit (GPU) infrastructure. Using just a browser, users have access to results as web reports in just a few hours—>600% end-to-end performance improvement over state of the art. MAGI’s salient features are (i) transfer of large input files in native FASTA with Qualities (FASTQ) format through drag-and-drop operations, (ii) rapid prediction of microRNA target genes leveraging parallel computing with GPU devices, (iii) all-in-one analytics with novel feature extraction, statistical test for differential expression and diagnostic plot generation for quality control and (iv) interactive visualization and exploration of results in web reports that are readily available for publication. Availability and implementation: MAGI relies on the Node.js JavaScript framework, along with NVIDIA CUDA C, PHP: Hypertext Preprocessor (PHP), Perl and R. It is freely available at http://magi.ucsd.edu. Contact: j5kim@ucsd.edu Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
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作者：
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14.9
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