Caspase cleavage sites in the human proteome: CaspDB, a database of predicted substrates.
Caspase cleavage sites in the human proteome: CaspDB, a database of predicted substrates.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0110539
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Cieplak P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kumar S;van Raam BJ;Salvesen GS;Cieplak P
半胱天冬酶是属于半胱氨酸依赖性天冬氨酸特异性蛋白酶保守家族的酶，其参与重要的细胞过程并在细胞凋亡和炎症中起重要作用。确定caspase的所有相关蛋白底物仍然是一项具有挑战性的任务。根据已发表的数据，在人类蛋白质组中已经发现了超过1500种半胱天冬酶底物，并且每天都有新的底物被发现。为了帮助发现过程中，我们开发了一个半胱天冬酶裂解预测方法，使用最近发表的策划MerCASBA数据库的实验确定的半胱天冬酶底物和随机森林分类方法。在内部和外部测试集上，预测的裂解位置的排名是上级所有先前开发的预测方法。计算机模拟预测的人蛋白质中的半胱天冬酶切割位置可从关系数据库：CaspDB获得。我们的数据库提供了关于在Uniprot中收集的所有人类蛋白质及其直系同源物的经验证的集合中的潜在切割位点的信息，允许追踪切割基序保守性。它还提供了有关疾病注释的单核苷酸多态性的位置，以及可能调节半胱天冬酶切割效率的翻译后修饰的信息。
Caspases are enzymes belonging to a conserved family of cysteine-dependent aspartic-specific proteases that are involved in vital cellular processes and play a prominent role in apoptosis and inflammation. Determining all relevant protein substrates of caspases remains a challenging task. Over 1500 caspase substrates have been discovered in the human proteome according to published data and new substrates are discovered on a daily basis. To aid the discovery process we developed a caspase cleavage prediction method using the recently published curated MerCASBA database of experimentally determined caspase substrates and a Random Forest classification method. On both internal and external test sets, the ranking of predicted cleavage positions is superior to all previously developed prediction methods. The in silico predicted caspase cleavage positions in human proteins are available from a relational database: CaspDB. Our database provides information about potential cleavage sites in a verified set of all human proteins collected in Uniprot and their orthologs, allowing for tracing of cleavage motif conservation. It also provides information about the positions of disease-annotated single nucleotide polymorphisms, and posttranslational modifications that may modulate the caspase cleaving efficiency.
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Huang HD
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