Validation of the β-amy1 transcription profiling assay and selection of reference genes suited for a RT-qPCR assay in developing barley caryopsis.
Validation of the β-amy1 transcription profiling assay and selection of reference genes suited for a RT-qPCR assay in developing barley caryopsis.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0041886
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Milella L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ovesná J;Kučera L;Vaculová K;Štrymplová K;Svobodová I;Milella L
逆转录与实时定量 PCR (RT-qPCR) 相结合是基因表达谱分析的常用方法。参考基因（RG）通常用于标准化基因表达数据。关于发育中的大麦颖果的基因表达和分析的信息有限。通过测量循环阈值 (Ct) 范围并应用 GeNorm（几何平均值的成对比较）和 Normfinder（基于模型的方法）原理进行计算来评估表达稳定性。在这里，我们确定了一组四个 RG，适合研究发育中的大麦颖果的基因表达。它们编码蛋白质 GAPDH、HSP90、HSP70 和泛素。我们发现转录本在计算机中出现的频率与其作为 RG 的适用性之间存在相关性。通过比较 β-淀粉酶 (β-amy1) 转录物的标准化水平与发育中的大麦颖果中直接测量的 BMY1 基因产物的数量来测试这组 RG。这组基因可用于其他基因表达研究，以及优化 β-amy1 分析，以研究 β-amy1 表达对大麦最终使用质量的影响。
Reverse transcription coupled with real-time quantitative PCR (RT-qPCR) is a frequently used method for gene expression profiling. Reference genes (RGs) are commonly employed to normalize gene expression data. A limited information exist on the gene expression and profiling in developing barley caryopsis. Expression stability was assessed by measuring the cycle threshold (Ct) range and applying both the GeNorm (pair-wise comparison of geometric means) and Normfinder (model-based approach) principles for the calculation. Here, we have identified a set of four RGs suitable for studying gene expression in the developing barley caryopsis. These encode the proteins GAPDH, HSP90, HSP70 and ubiquitin. We found a correlation between the frequency of occurrence of a transcript in silico and its suitability as an RG. This set of RGs was tested by comparing the normalized level of β-amylase (β-amy1) transcript with directly measured quantities of the BMY1 gene product in the developing barley caryopsis. This panel of genes could be used for other gene expression studies, as well as to optimize β-amy1 analysis for study of the impact of β-amy1 expression upon barley end-use quality.
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