Experiment-Assisted Secondary Structure Prediction with RNAstructure
Experiment-Assisted Secondary Structure Prediction with RNAstructure
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DOI：
10.1007/978-1-4939-6433-8_10
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发表时间：
2016-01-01
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Mathews, David H.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Xu, Zhenjiang Zech;Mathews, David H.
实验探测数据可用于提高RNA二级结构预测的准确性。 RNAstruct 软件包可以利用酶裂解数据、FMN 裂解数据、传统化学修饰反应性数据和 SHAPE 反应性数据进行二级结构建模。本章提供了使用 RNA 结构实验探测数据来抑制或约束 RNA 二级结构预测的协议。
Experimental probing data can be used to improve the accuracy of RNA secondary structure prediction. The software package RNAstructure can take advantage of enzymatic cleavage data, FMN cleavage data, traditional chemical modification reactivity data, and SHAPE reactivity data for secondary structure modeling. This chapter provides protocols for using experimental probing data with RNAstructure to restrain or constrain RNA secondary structure prediction.