基于表型性状及SNP标记的豆瓣菜种质资源遗传多样性分析
基于表型性状及SNP标记的豆瓣菜种质资源遗传多样性分析
复制标题
DOI：
--
复制
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
柯卫东
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
季群;李双梅;朱红莲;柯卫东
对保存在国家种质武汉水生蔬菜资源圃内来自国内外不同地区的19 份豆瓣菜种质资源的8 个农艺性状进行调查分析，并利用SLAF-seq 技术对豆瓣菜种质资源进行简化基因组测序，研究其遗传多样性。结果表明：质量性状（叶色、茎色、顶端小叶形状）变异不明显；数量性状（顶端小叶长、顶端小叶宽、株高、茎粗、叶柄长）变异系数较低（7.69%～16.45%），说明数量性状的变异范围较窄，但仍存在具有优良性状的资源，如仰光-2 豆瓣菜、大庙场野生豆瓣菜和玉龙雪山豆瓣菜，可用于品种选育。利用SLAF-seq 测序技术进行测序，共获得49.21 Mb 的读长数据，355 141 个高质量的SLAF 标签，33 386 个多态性SLAF 标签，从33 386 个多态性SLAF 标签上共开发获得102 704 个高质量SNP 标记。基于豆瓣菜资源8个表型性状的聚类分析，将19 份豆瓣菜种质资源划分为2 类，与基于SNP 的聚类分析结果相类似，群体结构分析以及PCA分析均将19 份资源全部分为一组，说明19 份资源虽然表型上存在变异，但遗传基础狭窄，遗传多样性不高。地方品种和野生资源的遗传多样性指数π 值分别为0.012 1 和0.012 2，且地方品种和野生资源之间的遗传分化指数Fst 为0.030 2，群体间遗传分化较小，表明豆瓣菜地方品种与野生资源属于同一组。结果说明在我国野外地区发现的大面积疑似野生豆瓣菜可能不是野生资源，而是由栽培品种逃逸形成，所有资源很可能来源于同一个栽培类型。