Blind prediction of binding affinities for charged supramolecular host-guest systems: achievements and shortcomings of DFT-D3.
Blind prediction of binding affinities for charged supramolecular host-guest systems: achievements and shortcomings of DFT-D3.
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带电超分子主客体系统结合亲和力的盲预测：DFT-D3 的成就和缺点
DOI：
10.1021/jp411616b
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
S. Grimme
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
R. Sure;J. Antony;S. Grimme
在最近的盲测挑战（SAMPL 4）的背景下，通过量子化学方法从第一性原理计算了两种不同类型的主-客体系统，刚性葫芦[7]脲（CB 7）和篮状八酸（OA），以及许多带电客体分子的缔合自由能Δ Ga。对于CB 7，理论和实验之间的总体协议是优秀的。与所有其他提交的计算的相对ΔGa，relvalues相比，我们的结果排名第一。在OA主体的情况下对结合自由能进行建模主要遇到结合情况相对于电荷状态不确定的问题，并且由于其固有的柔性，主体-客体复合物不能很好地由单一构型表示，但结合过程的定性特征，如适当的结合方向和Δ Ga的数量级，与实验预期的雅阁，尽管不可能进行准确的排名。
Association free energies ΔGaare calculated for two different types of host–guest systems, the rigid cucurbit[7]uril (CB7) and the basket shaped octa-acid (OA), and a number of charged guest molecules each by quantum chemical methods from first principles in the context of a recent blind test challenge (SAMPL4). ForCB7, the overall agreement between theory and experiment is excellent. In comparison with all other submitted calculated relative ΔGa,relvalues for this part of the blind test, our results ranked on top. Modeling the binding free energy in the case of theOAhost mainly suffers from the problem that the binding situation is undefined with respect to the charge state and due to its intrinsic flexibility the host–guest complex is not represented well by a single configuration, but qualitative features of the binding process such as the proper binding orientation and the order of magnitude of ΔGaare represented in accord with the experimental expectations even though an accurate ranking is not possible.
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影响因子：
15
作者：
Moghaddam S;Yang C;Rekharsky M;Ko YH;Kim K;Inoue Y;Gilson MK
通讯作者：
Gilson MK
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DOI：
--
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
作者：
中村賀美;竹内孝江
通讯作者：
竹内孝江
影响因子：
3.5
作者：
P. Mikulskis;D. Cioloboc;Milica Andrejic;Sakshi Khare;Joakim Brorsson;S. Genheden;R. Mata;Pär Söderhjelm;U. Ryde
通讯作者：
P. Mikulskis;D. Cioloboc;Milica Andrejic;Sakshi Khare;Joakim Brorsson;S. Genheden;R. Mata;Pär Söderhjelm;U. Ryde
影响因子：
4.4
作者：
TREUTLER, O;AHLRICHS, R
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AHLRICHS, R
影响因子：
15
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Liu, SM;Ruspic, C;Isaacs, L
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Isaacs, L