Molecular dynamics simulations of acylpeptide hydrolase bound to chlorpyrifosmethyl oxon and dichlorvos.
Molecular dynamics simulations of acylpeptide hydrolase bound to chlorpyrifosmethyl oxon and dichlorvos.
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与毒性甲基甲基氧子和二氯沃斯结合的酰基肽水解酶的分子动力学模拟。
DOI：
10.3390/ijms16036217
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发表时间：
2015-03-18
影响因子：
5.6
通讯作者：
Han W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jin H;Zhou Z;Wang D;Guan S;Han W
酰基肽水解酶 (APH) 催化去除封闭肽中的 N-酰化氨基酸。与其他脯氨酰寡肽酶 (POP) 家族成员一样，APH 被认为是药物设计的重要靶点。迄今为止，APH 有机磷 (OP) 化合物的结合姿势，以及不同 OP 化合物结合并诱导两个结构域（即 α/β 水解酶和 β-螺旋桨）构象变化的情况仍然知之甚少。我们报告了 APH 与毒死蜱和敌敌畏结合的计算研究。在我们的对接研究中，Val471 和 Gly368 是毒死蜱甲基氧磷和敌敌畏结合的重要残基。还进行了分子动力学模拟，探讨了毒死蜱与敌敌畏与APH结合时的构象变化，这表明毒死蜱与APH结合的结构特征允许β-螺旋桨折叠部分打开，使毒死蜱能够轻松进入催化位点。这些结果可能有助于设计具有改善疗效的 APH 靶向药物。
Acylpeptide hydrolases (APHs) catalyze the removal of N-acylated amino acids from blocked peptides. Like other prolyloligopeptidase (POP) family members, APHs are believed to be important targets for drug design. To date, the binding pose of organophosphorus (OP) compounds of APH, as well as the different OP compounds binding and inducing conformational changes in two domains, namely, α/β hydrolase and β-propeller, remain poorly understood. We report a computational study of APH bound to chlorpyrifosmethyl oxon and dichlorvos. In our docking study, Val471 and Gly368 are important residues for chlorpyrifosmethyl oxon and dichlorvos binding. Molecular dynamics simulations were also performed to explore the conformational changes between the chlorpyrifosmethyl oxon and dichlorvos bound to APH, which indicated that the structural feature of chlorpyrifosmethyl oxon binding in APH permitted partial opening of the β-propeller fold and allowed the chlorpyrifosmethyl oxon to easily enter the catalytic site. These results may facilitate the design of APH-targeting drugs with improved efficacy.
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影响因子：
3.7
作者：
Lindorff-Larsen K;Maragakis P;Piana S;Eastwood MP;Dror RO;Shaw DE
通讯作者：
Shaw DE
影响因子：
7.3
作者：
Kuhn, B;Gerber, P;Stahl, M
通讯作者：
Stahl, M
影响因子：
3.8
作者：
Navarrete-Benlloch, Carlos;Roldan, Eugenio;Shi, Tao
通讯作者：
Shi, Tao
DOI：
10.1021/jp807701h
发表时间：
2009-02-26
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Deng Y;Roux B
通讯作者：
Roux B
影响因子：
2.9
作者：
Fuxreiter, M;Magyar, C;Simon, I
通讯作者：
Simon, I