Insertions and Deletions Target Lineage-Defining Genes in Human Cancers.
Insertions and Deletions Target Lineage-Defining Genes in Human Cancers.
复制标题
插入和缺失针对人类癌症中的谱系定义基因。
DOI：
10.1016/j.cell.2016.12.025
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发表时间：
2017-01-26
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Meyerson M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Imielinski M;Guo G;Meyerson M
肺腺癌的全基因组测序分析揭示了VMP 1/MIR 21附近的非编码体细胞突变热点和表面活性蛋白基因（SFTPA 1、SFTPB和SFTPC）的插入缺失热点。外推到其他实体癌显示了高度复发和肿瘤类型特异性插入缺失热点，其靶向定义某些分泌细胞谱系的高表达基因的非编码区：肝癌中的白蛋白（ALB），胃癌中的胃脂肪酶（LIPF）和甲状腺癌中的甲状腺球蛋白（TG）。靶向谱系定义基因的插入缺失的序列背景在AATAATD DNA基序和特定染色质背景中显著富集，包括H3 K27 ac和H3 K36 me 3。我们的研究结果阐明了一个普遍的和迄今未被认识的突变过程连接细胞谱系和癌症。
Whole genome sequencing analysis of lung adenocarcinomas revealed noncoding somatic mutational hotspots near VMP1/MIR21 and indel hotspots in surfactant protein genes (SFTPA1, SFTPB, and SFTPC). Extrapolation to other solid cancers demonstrated highly recurrent and tumor-type-specific indel hotspots targeting the noncoding regions of highly expressed genes defining certain secretory cellular lineages: albumin (ALB) in liver carcinoma, gastric lipase (LIPF) in stomach carcinoma, and thyroglobulin (TG) in thyroid carcinoma. The sequence contexts of indels targeting lineage-defining genes were significantly enriched in the AATAATD DNA motif and specific chromatin contexts, including H3K27ac and H3K36me3. Our findings illuminate a prevalent and hitherto unrecognized mutational process linking cellular lineage and cancer.
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影响因子：
64.5
作者：
Cancer Genome Atlas Research Network
通讯作者：
Cancer Genome Atlas Research Network
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7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
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Hubbard TJ
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作者：
Cancer Genome Atlas Research Network
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Cancer Genome Atlas Research Network
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Haradhvala NJ;Polak P;Stojanov P;Covington KR;Shinbrot E;Hess JM;Rheinbay E;Kim J;Maruvka YE;Braunstein LZ;Kamburov A;Hanawalt PC;Wheeler DA;Koren A;Lawrence MS;Getz G
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Getz G
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Ha G;Roth A;Khattra J;Ho J;Yap D;Prentice LM;Melnyk N;McPherson A;Bashashati A;Laks E;Biele J;Ding J;Le A;Rosner J;Shumansky K;Marra MA;Gilks CB;Huntsman DG;McAlpine JN;Aparicio S;Shah SP
通讯作者：
Shah SP