Microscopic mechanism of DNA damage searching by hOGG1.
Microscopic mechanism of DNA damage searching by hOGG1.
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DOI：
10.1093/nar/gku621
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发表时间：
2014-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Stivers JT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rowland MM;Schonhoft JD;McKibbin PL;David SS;Stivers JT
DNA主干通常被认为是DNA修复酶在寻找DNA中罕见损伤位点时长距离滑动的轨道。一个被提出的DNA滑动的例子是人类8-氧鸟嘌呤（oG） DNA糖基酶1 (hOGG1)，它修复DNA中突变的oG损伤。在这里，我们使用我们的高分辨率分子钟方法来显示hOGG1的宏观1D DNA滑动是通过微观的2D和3D步骤发生的，这些步骤在分辨率有限的单分子图像中伪装成滑动。链滑动仅限于距离小于7个磷酸键的距离，因为将共价化学阻断剂附着在位于两个紧密间隔的损伤位点之间的单个DNA磷酸上对转移几乎没有影响。描述hOGG1 DNA搜索的微观参数是在实验数据约束下通过数值模拟得出的。这些发现支持DNA糖基酶使用高动态多维扩散路径扫描DNA的一般机制。
The DNA backbone is often considered a track that allows long-range sliding of DNA repair enzymes in their search for rare damage sites in DNA. A proposed exemplar of DNA sliding is human 8-oxoguanine (oG) DNA glycosylase 1 (hOGG1), which repairs mutagenic oG lesions in DNA. Here we use our high-resolution molecular clock method to show that macroscopic 1D DNA sliding of hOGG1 occurs by microscopic 2D and 3D steps that masquerade as sliding in resolution-limited single-molecule images. Strand sliding was limited to distances shorter than seven phosphate linkages because attaching a covalent chemical road block to a single DNA phosphate located between two closely spaced damage sites had little effect on transfers. The microscopic parameters describing the DNA search of hOGG1 were derived from numerical simulations constrained by the experimental data. These findings support a general mechanism where DNA glycosylases use highly dynamic multidimensional diffusion paths to scan DNA.
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影响因子：
14.9
作者：
Dunn AR;Kad NM;Nelson SR;Warshaw DM;Wallace SS
通讯作者：
Wallace SS
影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
2.9
作者：
Schonhoft, Joseph D.;Kosowicz, John G.;Stivers, James T.
通讯作者：
Stivers, James T.
影响因子：
--
作者：
Chen, LW;Haushalter, KA;Verdine, GL
通讯作者：
Verdine, GL
DOI：
10.1016/j.bbapap.2012.10.005
发表时间：
2013-01
影响因子：
3.2
作者：
Brooks, Sonja C.;Adhikary, Suraj;Rubinson, Emily H.;Eichman, Brandt F.
通讯作者：
Eichman, Brandt F.