MapView: visualization of short reads alignment on a desktop computer
MapView: visualization of short reads alignment on a desktop computer
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MapView：桌面计算机上短读比对的可视化
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp255
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发表时间：
2009-06-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Shi, Suhua
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Bao, Hua;Guo, Hui;Shi, Suhua
我们引入了一种名为 MapView 的新可视化分析工具，以促进大规模短读比对数据的表示和遗传变异分析。 MapView 可以在内存有限的台式计算机上处理数亿次短读取。它支持单端和双端短读取的紧凑对齐视图、多种导航和缩放模式以及多线程处理。此外，MapView 还提供自动遗传变异检测。 MapView 已在我们的实验室以及全球 10 多个研究实验室使用。
We introduce a new visual analytics tool named MapView to facilitate the representation of large-scale short reads alignment data and genetic variation analysis. MapView can handle hundreds of millions of short reads on a desktop computer with limited memory. It supports a compact alignment view for both single-end and paired end short reads, multiple navigation and zoom modes and multi-thread processing. Moreover, MapView offers automated genetic variation detection. MapView has been used in our lab and by over 10 research labs worldwide.