Punctuated copy number evolution and clonal stasis in triple-negative breast cancer.
Punctuated copy number evolution and clonal stasis in triple-negative breast cancer.
复制标题
DOI：
10.1038/ng.3641
复制
发表时间：
2016-10
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Navin, Nicholas E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gao, Ruli;Davis, Alexander;McDonald, Thomas O.;Sei, Emi;Shi, Xiuqing;Wang, Yong;Tsai, Pei-Ching;Casasent, Anna;Waters, Jill;Zhang, Hong;Meric-Bernstam, Funda;Michor, Franziska;Navin, Nicholas E.
非整倍体是乳腺癌的标志，然而，我们对这些复杂的基因组重排在肿瘤发生过程中如何演变的知识是有限的。在这项研究中，我们开发了一种高度多重的单核测序方法来研究三阴性乳腺癌患者的拷贝数演变。我们对来自12名患者的1000个单细胞进行了测序，并在每个肿瘤中鉴定了1-3个主要的克隆亚群，这些亚群具有共同的进化谱系。我们还鉴定了非克隆细胞的次要亚群，其被分类为：1）亚稳态，2）假二倍体，或3）嗜铬细胞。系统发育分析和数学建模表明，这些数据不太可能被解释为随着时间的推移逐渐积累的拷贝数事件。相比之下，我们的数据挑战了逐渐进化的范式，表明大多数拷贝数畸变是在肿瘤进化的最早阶段获得的，在短时间的间断爆发中，随后是形成肿瘤块的稳定克隆扩增。
Aneuploidy is a hallmark of breast cancer; however, our knowledge of how these complex genomic rearrangements evolve during tumorigenesis is limited. In this study we developed a highly multiplexed single-nucleus-sequencing method to investigate copy number evolution in triple-negative breast cancer patients. We sequenced 1000 single cells from 12 patients and identified 1–3 major clonal subpopulations in each tumor that shared a common evolutionary lineage. We also identified a minor subpopulation of non-clonal cells that were classified as: 1) metastable, 2) pseudo-diploid, or 3) chromazemic. Phylogenetic analysis and mathematical modeling suggest that these data are unlikely to be explained by the gradual accumulation of copy number events over time. In contrast, our data challenge the paradigm of gradual evolution, showing that the majority of copy number aberrations are acquired at the earliest stages of tumor evolution, in short punctuated bursts, followed by stable clonal expansions that form the tumor mass.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
Navin N;Kendall J;Troge J;Andrews P;Rodgers L;McIndoo J;Cook K;Stepansky A;Levy D;Esposito D;Muthuswamy L;Krasnitz A;McCombie WR;Hicks J;Wigler M
通讯作者：
Wigler M
影响因子：
4.3
作者：
Foo J;Liu LL;Leder K;Riester M;Iwasa Y;Lengauer C;Michor F
通讯作者：
Michor F
影响因子：
7
作者：
Navin, Nicholas;Krasnitz, Alexander;Wigler, Michael
通讯作者：
Wigler, Michael
DOI：
10.1073/pnas.1415287111
发表时间：
2014-09-16
影响因子：
11.1
作者：
Knouse, Kristin A.;Wu, Jie;Amon, Angelika
通讯作者：
Amon, Angelika
影响因子：
7
作者：
Hicks, James;Krasnitz, Alexander;Zetterberg, Anders
通讯作者：
Zetterberg, Anders