Standardization of RNA chemical mapping experiments.
Standardization of RNA chemical mapping experiments.
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DOI：
10.1021/bi5003426
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发表时间：
2014-05-20
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Das R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kladwang W;Mann TH;Becka A;Tian S;Kim H;Yoon S;Das R
化学作图实验提供了关于RNA结构的强有力的信息，但目前在数据处理中涉及特别的假设。我们表明，简单的稀释、参考标准（GAGUA发夹）和HiTRACE/MAPseeker分析可以对电泳数据进行严格的过度修饰校正、背景减法和归一化，并对准确的深度测序数据进行结扎偏置校正。六种非编码rna之间的比较严格地测试了硫酸二甲酯（DMS）， 2 ' -OH酰化（SHAPE）和碳二亚胺测量的拟议标准化。螺旋外凸起和DMS“热点”口袋（包括体内甲基化的tRNA A58）的新特征的鉴定说明了定量RNA定位标准化的实用性和必要性。
Chemical mapping experiments offer powerful information about RNA structure but currently involve ad hoc assumptions in data processing. We show that simple dilutions, referencing standards (GAGUA hairpins), and HiTRACE/MAPseeker analysis allow rigorous overmodification correction, background subtraction, and normalization for electrophoretic data and a ligation bias correction needed for accurate deep sequencing data. Comparisons across six noncoding RNAs stringently test the proposed standardization of dimethyl sulfate (DMS), 2′-OH acylation (SHAPE), and carbodiimide measurements. Identification of new signatures for extrahelical bulges and DMS “hot spot” pockets (including tRNA A58, methylated in vivo) illustrates the utility and necessity of standardization for quantitative RNA mapping.
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影响因子：
2.9
作者：
Kladwang, Wipapat;Das, Rhiju
通讯作者：
Das, Rhiju
影响因子：
4.5
作者：
Karabiber, Fethullah;McGinnis, Jennifer L.;Weeks, Kevin M.
通讯作者：
Weeks, Kevin M.
影响因子：
14.9
作者：
Sengupta, R;Vainauskas, S;Agris, PF
通讯作者：
Agris, PF
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
15
作者：
McGinnis, Jennifer L.;Dunkle, Jack A.;Weeks, Kevin M.
通讯作者：
Weeks, Kevin M.