Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors.
Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors.
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DOI：
10.1186/gb-2010-11-11-r116
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Salzberg SL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kelley DR;Schatz MC;Salzberg SL
我们介绍了Quake，一个检测和纠正DNA测序读取错误的程序。使用最大似然方法，结合质量值和核苷酸特异性误判率，Quake在真实模拟读取上实现了最高的准确性。我们进一步证明了使用Quake后从头组装和SNP检测的实质性改善。Quake可以用于任何规模的项目，包括超过10亿次的人工读取，并且可以从http://www.cbcb.umd.edu/software/quake免费获得开源软件。
We introduce Quake, a program to detect and correct errors in DNA sequencing reads. Using a maximum likelihood approach incorporating quality values and nucleotide specific miscall rates, Quake achieves the highest accuracy on realistically simulated reads. We further demonstrate substantial improvements in de novo assembly and SNP detection after using Quake. Quake can be used for any size project, including more than one billion human reads, and is freely available as open source software from http://www.cbcb.umd.edu/software/quake.
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