PEPPRO: quality control and processing of nascent RNA profiling data.
PEPPRO: quality control and processing of nascent RNA profiling data.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02349-4
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发表时间：
2021-05-15
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Sheffield NC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smith JP;Dutta AB;Sathyan KM;Guertin MJ;Sheffield NC
新生RNA分析越来越受欢迎;然而，没有标准的分析管道来统一处理数据和评估质量。在这里，我们介绍PEPPRO，一个全面的，可扩展的工作流程，用于GRO-seq，PRO-seq和ChRO-seq数据。PEPPRO产生用于下游分析的统一处理的输出文件，并评估衔接子丰度、RNA完整性、文库复杂性、新生RNA纯度和运行效率。PEPPRO是可重启和容错的，记录了丰富的日志，并提供了一个基于Web的项目报告。PEPPRO可以在本地运行或使用集群运行，为基因组新生RNA分析提供了便携式的第一步。在线版本包含补充材料，可在（10.1186/s13059-021-02349-4）获得。
Nascent RNA profiling is growing in popularity; however, there is no standard analysis pipeline to uniformly process the data and assess quality. Here, we introduce PEPPRO, a comprehensive, scalable workflow for GRO-seq, PRO-seq, and ChRO-seq data. PEPPRO produces uniformly processed output files for downstream analysis and assesses adapter abundance, RNA integrity, library complexity, nascent RNA purity, and run-on efficiency. PEPPRO is restartable and fault-tolerant, records copious logs, and provides a web-based project report. PEPPRO can be run locally or using a cluster, providing a portable first step for genomic nascent RNA analysis. The online version contains supplementary material available at (10.1186/s13059-021-02349-4).
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