An atlas of the Epstein-Barr virus transcriptome and epigenome reveals host-virus regulatory interactions.
An atlas of the Epstein-Barr virus transcriptome and epigenome reveals host-virus regulatory interactions.
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DOI：
10.1016/j.chom.2012.06.008
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发表时间：
2012-08-16
影响因子：
30.3
通讯作者：
Lieberman PM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arvey A;Tempera I;Tsai K;Chen HS;Tikhmyanova N;Klichinsky M;Leslie C;Lieberman PM
爱泼斯坦-巴尔病毒(Epstein-Barr Virus，EBV)与多种人类肿瘤相关，它以微小染色体形式存在于B淋巴细胞的核中，并通过尚未完全了解的机制诱导肿瘤发生。在这里，我们提出了一个大规模的EBV功能基因组分析。我们实验生成的核小体定位图和病毒蛋白结合数据与700多个公开可用的高通量测序数据集整合在一起，这些数据集用于定位到EBV基因组的人类淋巴母细胞系。我们发现，病毒裂解基因与细胞癌相关途径共表达，表明裂解周期可能在病毒介导的肿瘤发生中发挥意想不到的作用。病毒癌基因表达和染色体结构的宿主调控因子被鉴定和验证，揭示了B细胞特异性蛋白Pax5在病毒基因调控中的作用，以及粘附素复合体在调节高阶染色质结构中的作用。我们的发现提供了对肿瘤发生中潜伏的病毒持久性的更深入的理解，并为未来的探索建立了有价值的病毒基因组学资源。
Epstein-Barr Virus (EBV), which is associated with multiple human tumors, persists as a minichromosome in the nucleus of B-lymphocytes and induces malignancies through incompletely understood mechanisms. Here, we present a large-scale functional genomic analysis of EBV. Our experimentally generated nucleosome positioning maps and viral protein binding data were integrated with over 700 publicly available high-throughput sequencing data sets for human lymphoblastoid cell lines mapped to the EBV genome. We found that viral lytic genes are coexpressed with cellular cancer-associated pathways, suggesting that the lytic cycle may play an unexpected role in virus-mediated oncogenesis. Host regulators of viral oncogene expression and chromosome structure were identified and validated, revealing a role for the B-cell-specific protein Pax5 in viral gene regulation and the cohesin complex in regulating higher order chromatin structure. Our findings provide a deeper understanding of latent viral persistence in oncogenesis and establish a valuable viral genomics resource for future exploration.
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影响因子：
6.7
作者：
Günther T;Grundhoff A
通讯作者：
Grundhoff A
DOI：
10.1126/science.1183621
发表时间：
2010-04-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Kasowski M;Grubert F;Heffelfinger C;Hariharan M;Asabere A;Waszak SM;Habegger L;Rozowsky J;Shi M;Urban AE;Hong MY;Karczewski KJ;Huber W;Weissman SM;Gerstein MB;Korbel JO;Snyder M
通讯作者：
Snyder M
影响因子：
6.7
作者：
Hutzinger, Roland;Feederle, Regina;Huettenhofer, Alexander
通讯作者：
Huettenhofer, Alexander
影响因子：
4.5
作者：
Choy E;Yelensky R;Bonakdar S;Plenge RM;Saxena R;De Jager PL;Shaw SY;Wolfish CS;Slavik JM;Cotsapas C;Rivas M;Dermitzakis ET;Cahir-McFarland E;Kieff E;Hafler D;Daly MJ;Altshuler D
通讯作者：
Altshuler D
影响因子：
9
作者：
HANTO, DW;GAJLPECZALSKA, KJ;NAJARIAN, JS
通讯作者：
NAJARIAN, JS