Unbiased transcriptome signature of in vivo cell proliferation reveals pro- and antiproliferative gene networks.
Unbiased transcriptome signature of in vivo cell proliferation reveals pro- and antiproliferative gene networks.
复制标题
体内细胞增殖的无偏转录组特征揭示了促增殖和抗增殖基因网络。
DOI：
10.4161/cc.26030
复制
发表时间：
2013-09-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tzur A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cohen M;Vecsler M;Liberzon A;Noach M;Zlotorynski E;Tzur A
不同类型的成熟 B 细胞淋巴细胞总体上高度相似。尽管如此，一些 B 细胞会大量增殖，而另一些则很少。在这里，我们证明，对增殖与静息 B 细胞中的基因表达进行简单的二元分类可以以显着的选择性识别哺乳动物细胞周期的全局体内调节因子，其中许多调节因子也受到 APC/C E3 连接酶的翻译后调节。因此，我们发现了 APC/C 和 E2F 转录因子之间的新型调控网络，并讨论了其对细胞周期 G1-S 转变的潜在影响。此外，通过关注表达与增殖负相关的基因，我们证明了我们的方法还具有识别细胞分化、细胞存活和其他抗增殖过程的体内调节因子的固有能力。依靠野生型、非转基因动物的数据集，我们的方法可以应用于其他细胞谱系和人类数据集。
Different types of mature B-cell lymphocytes are overall highly similar. Nevertheless, some B cells proliferate intensively, while others rarely do. Here, we demonstrate that a simple binary classification of gene expression in proliferating vs. resting B cells can identify, with remarkable selectivity, global in vivo regulators of the mammalian cell cycle, many of which are also post-translationally regulated by the APC/C E3 ligase. Consequently, we discover a novel regulatory network between the APC/C and the E2F transcription factors and discuss its potential impact on the G1–S transition of the cell cycle. In addition, by focusing on genes whose expression inversely correlates with proliferation, we demonstrate the inherent ability of our approach to also identify in vivo regulators of cell differentiation, cell survival, and other antiproliferative processes. Relying on data sets of wt, non-transgenic animals, our approach can be applied to other cell lineages and human data sets.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1083/jcb.200309035
发表时间：
2004-01-19
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Lindon C;Pines J
通讯作者：
Pines J
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
56.9
作者：
Golub, TR;Slonim, DK;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES
DOI：
10.1073/pnas.1106136108
发表时间：
2011-06-14
影响因子：
11.1
作者：
Emanuele, Michael J.;Ciccia, Alberto;Elledge, Stephen J.
通讯作者：
Elledge, Stephen J.
影响因子：
5.3
作者：
NEUMAN, E;FLEMINGTON, EK;KAELIN, WG
通讯作者：
KAELIN, WG