Integrated Analysis of a Competing Endogenous RNA Network Reveals a Prognostic Signature in Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma.
Integrated Analysis of a Competing Endogenous RNA Network Reveals a Prognostic Signature in Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma.
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对竞争性内源性RNA网络的综合分析揭示了肾脏肾乳头状细胞癌的预后特征。
DOI：
10.3389/fcell.2020.612924
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发表时间：
2020
影响因子：
5.5
通讯作者：
Wang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
He R;Wang L;Li J;Ma L;Wang F;Wang Y
肾乳头状细胞癌（KIRP）是一种相对罕见的肾细胞癌（RCC）。目前，大多数肾癌研究主要集中在肾细胞癌上，尚未有研究发现一个可靠的特征来预测KIRP患者的生存结果。在这项研究中，我们构建了一个竞争性内源性RNA （ceRNA）网络，包括1,251个lncRNA-miRNA-mRNA相互作用。基于TCGA数据库选择8个差异表达基因（IGF2BP3、PLK1、LINC00200、NCAPG、CENPF、miR-217、GAS6-As1、LRRC4）。采用单变量Cox回归和逐步回归相结合的方法建立预后特征，并通过随时间变化的受试者工作特征（ROC）曲线验证其预测值。总之，我们通过使用ceRNA网络确定了8个预后特征。本研究提供了KIRP预后生物标志物的全局视角和系统解剖，鉴定的8个基因可能作为参与KIRP发病机制的新的重要预后因素。
The kidney renal papillary cell carcinoma (KIRP) is a relatively rare type of renal cell carcinoma (RCC). Currently, most kidney cancer studies primarily focus on RCC, and there has been no investigation to find a robust signature to predict the survival outcome of KIRP patients. In this study, we constructed a competing endogenous RNA (ceRNA) network, including 1,251 lncRNA–miRNA–mRNA interactions. Eight differentially expressed genes (IGF2BP3, PLK1, LINC00200, NCAPG, CENPF, miR-217, GAS6-As1, and LRRC4) based on the TCGA database were selected. The prognostic signature was established by combining the univariate Cox regression method and a stepwise regression method, with its predictive value validated by time-dependent receiver operating characteristic (ROC) curves. In conclusion, we identified eight prognostic signatures with using ceRNA networks. Our study provided a global view and a systematic dissection on KIRP prognosis biomarkers, and the eight identified genes might be used as new and important prognostic factors involved in KIRP pathogenesis.
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