A cascading activity-based probe sequentially targets E1-E2-E3 ubiquitin enzymes.
A cascading activity-based probe sequentially targets E1-E2-E3 ubiquitin enzymes.
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DOI：
10.1038/nchembio.2084
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发表时间：
2016-07
影响因子：
14.8
通讯作者：
Ovaa, Huib
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mulder, Monique P. C.;Witting, Katharina;Berlin, Ilana;Pruneda, Jonathan N.;Wu, Kuen-Phon;Chang, Jer-Gung;Merkx, Remco;Bialas, Johanna;Groettrup, Marcus;Vertegaal, Alfred C. O.;Schulman, Brenda A.;Komander, David;Neefjes, Jacques;El Oualid, Farid;Ovaa, Huib
蛋白质的翻译后修饰与泛素（Ub）和泛素样（Ubl）修饰剂，精心策划的级联专门E1，E2和E3酶，控制细胞过程的惊人的广度。为了监测沿着这些复杂的反应途径的催化作用，我们开发了一种基于级联活性的探针UbDha。与天然Ub类似，在E1的ATP依赖性活化后，UbDha可以通过顺序的硫代反式异构化向下游移动到E2（随后是E3）酶。与天然Ub不同，在沿着级联的每个步骤中，UbDha可以选择与靶酶的活性位点半胱氨酸残基不可逆地反应，从而能够检测它们。我们表明，我们的级联探针'跳'和'陷阱'催化活性的泛素修饰酶（但不是他们的底物）的机制多样化的UBLs。我们的创始人的方法，适合结构研究，蛋白质组范围内的分析和监测活细胞中的酶活性，提出了新颖的和多功能的工具来询问Ub/Ubl级联。
Post-translational modifications of proteins with ubiquitin (Ub) and ubiquitin-like (Ubl) modifiers, orchestrated by a cascade of specialized E1, E2 and E3 enzymes, control a staggering breadth of cellular processes. To monitor catalysis along these complex reaction pathways, we developed a cascading activity-based probe, UbDha. Akin to the native Ub, upon ATP-dependent activation by the E1, UbDha can travel downstream to the E2 (and subsequently E3) enzymes through sequential trans-thioesterifications. Unlike the native Ub, at each step along the cascade UbDha has the option to react irreversibly with active site cysteine residues of target enzymes, thus enabling their detection. We show that our cascading probe ‘hops’ and ‘traps’ catalytically active ubiquitin-modifying enzymes (but not their substrates) by a mechanism diversifiable to Ubls. Our founder methodology, amenable to structural studies, proteome-wide profiling and monitoring of enzymatic activities in living cells, presents novel and versatile tools to interrogate the Ub/Ubl cascades.
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影响因子：
15
作者：
Lu, Xuequan;Olsen, Shaun K.;Capili, Allan D.;Cisar, Justin S.;Lima, Christopher D.;Tan, Derek S.
通讯作者：
Tan, Derek S.
影响因子：
7.3
作者：
da Silva, Sara R.;Paiva, Stacey-Lynn;Gunning, Patrick T.
通讯作者：
Gunning, Patrick T.
DOI：
10.1016/j.bbamcr.2012.05.014
发表时间：
2012-11
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
Kramer HB;Nicholson B;Kessler BM;Altun M
通讯作者：
Altun M
影响因子：
4.4
作者：
Cox, Juergen;Neuhauser, Nadin;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
影响因子：
64.8
作者：
Jin, Jianping;Li, Xue;Harper, J. Wade
通讯作者：
Harper, J. Wade