Integrating scientific cyberinfrastructures to improve reproducibility in computational hydrology: Example for HydroShare and GeoTrust
Integrating scientific cyberinfrastructures to improve reproducibility in computational hydrology: Example for HydroShare and GeoTrust
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集成科学网络基础设施以提高计算水文学的可重复性：HydroShare 和 GeoTrust 示例
DOI：
10.1016/j.envsoft.2018.03.025
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发表时间：
2018
影响因子：
4.9
通讯作者：
Malik, Tanu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Essawy, Bakinam T.;Goodall, Jonathan L.;Zell, Wesley;Voce, Daniel;Morsy, Mohamed M.;Sadler, Jeffrey;Yuan, Zhihao;Malik, Tanu
计算环境模型的可重复性是一个重要的挑战，需要开放和可重复使用的代码和数据，有据可查的工作流程和受控的环境，允许其他人验证已发表的研究结果。这需要能够记录和共享原始数据集、数据预处理脚本、模型输入、输出以及具有所有相关依赖关系的特定模型代码。HydroShare和GeoTrust是两个正在开发的科学网络基础设施，可用于提高计算水文学的可重复性。HydroShare是一个基于网络的系统，用于共享水文数据和模型作为数字资源，包括详细的水文特定资源元数据。GeoTrust为科学家提供了有效复制和共享地球科学应用程序的工具。本文概述了一个用例示例，重点是使用MODFLOW模型的工作流，以演示如何将网络基础设施HydroShare和GeoTrust集成在一起，从而轻松有效地再现计算工作流。
The reproducibility of computational environmental models is an important challenge that calls for open and reusable code and data, well-documented workflows, and controlled environments that allow others to verify published findings. This requires an ability to document and share raw datasets, data preprocessing scripts, model inputs, outputs, and the specific model code with all associated dependencies. HydroShare and GeoTrust, two scientific cyberinfrastructures under development, can be used to improve reproducibility in computational hydrology. HydroShare is a web-based system for sharing hydrologic data and models as digital resources including detailed, hydrologic-specific resource metadata. GeoTrust provides tools for scientists to efficiently reproduce and share geoscience applications. This paper outlines a use case example, which focuses on a workflow that uses the MODFLOW model, to demonstrate how the cyberinfrastructures HydroShare and GeoTrust can be integrated in a way that easily and efficiently reproduces computational workflows.
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Sciunits：可重复使用的研究对象
DOI：
10.1109/escience.2017.51
发表时间：
2017
期刊：
IEEE 13th International Conference on e-Science (e-Science
影响因子：
--
作者：
Ton That, Dai Hai;Fils, Gabriel;Yuan, Zhihao;Malik, Tanu
通讯作者：
Malik, Tanu
DOI：
10.3133/sir20105169
发表时间：
2010
期刊：
Scientific Investigations Report
影响因子：
--
作者：
J. Doherty;R. Hunt
通讯作者：
J. Doherty;R. Hunt
DOI：
10.1016/j.jocs.2015.04.012
发表时间：
2015
期刊：
J. Comput. Sci.
影响因子：
--
作者：
Haiyan Meng;Rupa Kommineni;Quan Pham;R. Gardner;T. Malik;D. Thain
通讯作者：
D. Thain
影响因子：
5.4
作者：
C. Hutton;Thorsten Wagener;J. Freer;Dawei Han;C. Duffy;B. Arheimer
通讯作者：
C. Hutton;Thorsten Wagener;J. Freer;Dawei Han;C. Duffy;B. Arheimer
用于描述水模型的元数据
DOI：
--
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
--
作者：
Mohamed M. Morsy;J. Goodall;C. Bandaragoda
通讯作者：
C. Bandaragoda