Integration of large heterologous DNA fragments into the genome of Thermococcus kodakarensis
Integration of large heterologous DNA fragments into the genome of Thermococcus kodakarensis
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将大异源 DNA 片段整合到 Thermococcus kodakarensis 基因组中
DOI：
10.1007/s00792-020-01159-z
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Atomi Haruyuki
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sato Takaaki;Takada Daisuke;Itoh Takashi;Ohkuma Moriya;Atomi Haruyuki
在这项研究中，为超嗜热古菌柯达卡伦热球菌开发了一种能够进行大规模基因重组的转化系统。使用尿嘧啶营养缺陷型T。 kodakarensisKU216 (ΔpyrF) 作为亲本菌株，我们构建了多个宿主菌株，其中包含来自超嗜热古菌激烈热球菌或詹纳斯热球菌基因组的两个 1-kbp DNA 区域。选择这两个区域，以便各自基因组上它们之间的区域将包括pyrF基因，该基因可以潜在地用于选择。使用这些宿主菌株和来自 P. 的基因组 DNA 进行转化。愤怒的M。 jannaschii 进行了。仅使用具有来自P的区域的宿主菌株获得具有外源pyrF的转化体。愤怒，并且仅当两个区域之间的距离相对较短（2-5 kbp）时。愤怒基因组。为了插入更长的 DNA 片段，我们研究了使用 P 的可能性。 Furiosus细胞提供完整的基因组DNA。 P 的细胞沉淀。愤怒与T的愤怒重叠。 kodakarensisso 使细胞直接接触。结果，我们能够隔离T。 kodakarensis 菌株含有来自 P. 的 DNA 片段。在单个转化步骤中，furiosus 的长度可达 75 kbp。
In this study, a transformation system enabling large-scale gene recombination was developed for the hyperthermophilic archaeonThermococcus kodakarensis. Using the uracil auxotrophT. kodakarensisKU216 (∆pyrF) as a parent strain, we constructed multiple host strains harboring two 1-kbp DNA regions from the genomes of either the hyperthermophilic archaeonPyrococcus furiosusorMethanocaldococcus jannaschii. The two regions were selected so that the regions between them on the respective genomes would includepyrFgenes, which can potentially be used for selection. Transformation using these host strains and genomic DNA fromP. furiosusorM. jannaschiiwere carried out. Transformants with exogenouspyrFwere obtained only using host strains with regions fromP. furiosus, and only when the distances between the two regions were relatively short (2–5 kbp) on theP. furiosusgenome. To insert longer DNA fragments, we examined the possibilities of usingP. furiosuscells to provide intact genomic DNA. A cell pellet ofP. furiosuswas overlaid with that ofT. kodakarensisso that cells were in direct contact. As a result, we were able to isolateT. kodakarensisstrains harboring DNA fragments fromP. furiosuswith lengths of up to 75 kbp in a single transformation step.
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