Extended ensemble approach for deriving transferable coarse-grained potentials
Extended ensemble approach for deriving transferable coarse-grained potentials
复制标题
用于导出可转移粗粒度势的扩展集成方法
DOI：
--
复制
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
W. Noid
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. W. Mullinax;W. Noid
粗粒度（CG）模型提供了一个计算效率高的手段，研究生物和软物质的过程，演变在长时间尺度和大长度尺度。目前的工作介绍了一个扩展的合奏框架计算可转移的CG潜力，准确地再现多个系统的原子模型的结构。这个框架确定了一个广义的潜在的平均力（PMF）作为适当的CG潜力再现原子扩展系综的结构相关性。一个变分的方法来计算可转移的潜力，提供了一个最佳的近似这个PMF。烷烃和醇的二元混合物的计算表明，扩展的合奏潜力提供了改进的可转移性相对于一个单一的系统计算的潜力。
Coarse-grained (CG) models provide a computationally efficient means for investigating biological and soft-matter processes that evolve on long time scales and large length scales. The present work introduces an extended ensemble framework for calculating transferable CG potentials that accurately reproduce the structure of atomistic models for multiple systems. This framework identifies a generalized potential of mean force (PMF) as the appropriate CG potential for reproducing the structural correlations of an atomistic extended ensemble. A variational approach is developed for calculating transferable potentials that provide an optimal approximation to this PMF. Calculations for binary mixtures of alkanes and alcohols demonstrate that the extended ensemble potentials provide improved transferability relative to potentials calculated for a single system.
混合原子和粗粒度分子动力学：膜结合离子通道的模拟。
DOI：
10.1021/jp062700h
发表时间：
2006
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Shi,Qiang;Izvekov,Sergei;Voth,GregoryA
通讯作者：
Voth,GregoryA
影响因子：
6.8
作者：
Ayton, Gary S.;Noid, Will G.;Voth, Gregory A.
通讯作者：
Voth, Gregory A.
影响因子：
4.4
作者：
Carbone, Paola;Varzaneh, Hossein Ali Karimi;Mueller-Plathe, Florian
通讯作者：
Mueller-Plathe, Florian