LRSim: A Linked-Reads Simulator Generating Insights for Better Genome Partitioning.
LRSim: A Linked-Reads Simulator Generating Insights for Better Genome Partitioning.
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DOI：
10.1016/j.csbj.2017.10.002
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发表时间：
2017
影响因子：
6
通讯作者：
Schatz MC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo R;Sedlazeck FJ;Darby CA;Kelly SM;Schatz MC
连锁阅读测序，使用高度多元化的基因组分割和条形码，可以跨越数百个千碱基，以改进从头组装、单倍型阶段确定和其他应用。在对14个数据集的分析基础上，我们介绍了LRSim，它通过模拟文库准备和测序过程来模拟链接阅读，并对变体、链接阅读特征和短读特征进行了精细控制。在对不同大小和复杂的基因组测序时，我们从多个数据集的阶段化和组装、关于覆盖率、片段长度和分割的建议中得出结论。这些优化使结果提高了数量级，并使新方法的开发成为可能。LRSim公司的网址是：https://github.com/aquaskyline/LRSIM.
Linked-read sequencing, using highly-multiplexed genome partitioning and barcoding, can span hundreds of kilobases to improve de novo assembly, haplotype phasing, and other applications. Based on our analysis of 14 datasets, we introduce LRSim that simulates linked-reads by emulating the library preparation and sequencing process with fine control over variants, linked-read characteristics, and the short-read profile. We conclude from the phasing and assembly of multiple datasets, recommendations on coverage, fragment length, and partitioning when sequencing genomes of different sizes and complexities. These optimizations improve results by orders of magnitude, and enable the development of novel methods. LRSim is available at https://github.com/aquaskyline/LRSIM.
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影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
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作者：
Chin, Chen-Shan;Peluso, Paul;Schatz, Michael C.
通讯作者：
Schatz, Michael C.
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作者：
Cao, Hongzhi;Wu, Honglong;Wang, Jun
通讯作者：
Wang, Jun
影响因子：
16.6
作者：
Jeffares DC;Jolly C;Hoti M;Speed D;Shaw L;Rallis C;Balloux F;Dessimoz C;Bähler J;Sedlazeck FJ
通讯作者：
Sedlazeck FJ
影响因子：
7
作者：
Edge P;Bafna V;Bansal V
通讯作者：
Bansal V