A novel community driven software for functional enrichment analysis of extracellular vesicles data.
A novel community driven software for functional enrichment analysis of extracellular vesicles data.
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DOI：
10.1080/20013078.2017.1321455
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发表时间：
2017
影响因子：
16
通讯作者：
Mathivanan S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pathan M;Keerthikumar S;Chisanga D;Alessandro R;Ang CS;Askenase P;Batagov AO;Benito-Martin A;Camussi G;Clayton A;Collino F;Di Vizio D;Falcon-Perez JM;Fonseca P;Fonseka P;Fontana S;Gho YS;Hendrix A;Hoen EN;Iraci N;Kastaniegaard K;Kislinger T;Kowal J;Kurochkin IV;Leonardi T;Liang Y;Llorente A;Lunavat TR;Maji S;Monteleone F;Øverbye A;Panaretakis T;Patel T;Peinado H;Pluchino S;Principe S;Ronquist G;Royo F;Sahoo S;Spinelli C;Stensballe A;Théry C;van Herwijnen MJC;Wauben M;Welton JL;Zhao K;Mathivanan S
生物信息学工具对于异构高通量数据的深入分析是必不可少的。大多数软件工具是由特定的实验室或小组或公司开发的，其中它们被设计用于执行小组所需的分析。然而，这样的软件工具可能无法捕获“社区对工具的需求”。在这里，我们描述了一种新的社区驱动的方法来构建一个全面的功能富集分析工具。使用现有的FunRich工具作为模板，我们邀请研究人员请求附加功能和/或更改。值得注意的是，在社区的热情参与下，我们能够实现90%的请求功能。FunRich支持细胞外囊泡插件，用户可以从Vesiclepedia数据库下载和分析数据。通过让研究人员尽早参与社区需求软件开发，我们相信综合分析工具可以在各种科学学科中开发出来。
Bioinformatics tools are imperative for the in depth analysis of heterogeneous high-throughput data. Most of the software tools are developed by specific laboratories or groups or companies wherein they are designed to perform the required analysis for the group. However, such software tools may fail to capture “what the community needs in a tool”. Here, we describe a novel community-driven approach to build a comprehensive functional enrichment analysis tool. Using the existing FunRich tool as a template, we invited researchers to request additional features and/or changes. Remarkably, with the enthusiastic participation of the community, we were able to implement 90% of the requested features. FunRich enables plugin for extracellular vesicles wherein users can download and analyse data from Vesiclepedia database. By involving researchers early through community needs software development, we believe that comprehensive analysis tools can be developed in various scientific disciplines.
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影响因子：
64.8
作者：
Bailey, Peter;Chang, David K.;Grimmond, Sean M.
通讯作者：
Grimmond, Sean M.
影响因子：
12.3
作者：
Muir P;Li S;Lou S;Wang D;Spakowicz DJ;Salichos L;Zhang J;Weinstock GM;Isaacs F;Rozowsky J;Gerstein M
通讯作者：
Gerstein M
影响因子：
3.4
作者：
Pathan, Mohashin;Keerthikumar, Shivakumar;Mathivanan, Suresh
通讯作者：
Mathivanan, Suresh
DOI：
10.1073/pnas.0506580102
发表时间：
2005-10-25
影响因子：
11.1
作者：
Subramanian, A;Tamayo, P;Mesirov, JP
通讯作者：
Mesirov, JP
影响因子：
64.8
作者：
Zhang, Bing;Wang, Jing;Wang, Xiaojing;Zhu, Jing;Liu, Qi;Shi, Zhiao;Chambers, Matthew C.;Zimmerman, Lisa J.;Shaddox, Kent F.;Kim, Sangtae;Davies, Sherri R.;Wang, Sean;Wang, Pei;Kinsinger, Christopher R.;Rivers, Robert C.;Rodriguez, Henry;Townsend, R. Reid;Ellis, Matthew J. C.;Carr, Steven A.;Tabb, David L.;Coffey, Robert J.;Slebos, Robbert J. C.;Liebler, Daniel C.
通讯作者：
Liebler, Daniel C.